Не лучше обстояло дело с авторитетом патриарха в церковных кругах. «Патриарх мало и грамоте умеет… ничего не знает, непостоянен, трус, прикажет благовестить то так, то иначе, а поучение станет читать — только гноит, и слушать нечего», — говорил архиепископ Иосиф Коломенский. Но он же, будучи нетрезв, признавал, что патриарх был лишь наиболее видной, но не самой действенной частью механизма церковной власти: «На соборе только и говорят нижегородский митрополит (Филарет.
На позиции Медведева сказалось не только понятное нежелание наносить ущерб церкви, открыто критикуя ее главу, но и ясное понимание противоположности силовых приемов поиску истины. Принципиальный отказ от «неразумных», антигуманных методов был характерен для Сильвестра и во внутриполитической борьбе. В 1689 году приближенные Шакловитого сообщили Медведеву, что тот планирует покушение на Л.К. Нарышкина, Б.А. Голицына и других лидеров «петровской» оппозиции, без которых «бы у царевны Софии с царем Петром было советно (то есть не было бы конфликта.
Столь же бескомпромиссно отстаивали свои идеалы «мудроборцы», с точки зрения которых верующие должны были лишь исполнять указания «свыше» и не рассуждать. Они довольно быстро обнаружили, сколь опасно пользоваться чужим оружием, и сожалели отнюдь не о своем отступлении от истины, а лишь о том, что ввязались в полемику, не сумев сразу уничтожить противника. Правда, в этом им мешали неуступчивые светские власти. Царевна Софья сочла необходимым дать Медведеву высказаться в свое оправдание (по обвинению в «еретичестве») и даже позволила посвятить себе книгу «Манна». В.В. Голицын лично переслал Сильвестру полученную от Мазепы книгу Иннокентия Монастырского против новоявленных «грекофилов». Ф.Л. Шакловитый прямо высказывался в защиту Медведева и не препятствовал подведомственным ему как главе Стрелецкого приказа военнослужащим собираться в Заиконоспасском монастыре для охраны просветителя от тайного покушения.
В открытом споре принципиальные противники «разсуждения» были обречены на поражение. Если Евфимий Чудовский и его коллеги первоначально и имели иллюзии насчет действенности своих пасквилей, то они очень быстро разочаровались. Массы верующих не склонны были без сопротивления отказываться от права «разсуждати себе», и по мере прояснения смысла полемики число покорных исполнителей воли патриарха стремительно сокращалось. Даже позже, после расправы над Медведевым, «мудроборцы» во главе с патриархом воспринимали свою победу как чудо. «Если бы всемощная десница Высочайшего несказанным своим промыслом не воспрепятствовала его (Сильвестра) умыслу и злочестивому совету, — говорил Иоаким, — редкие бы остались твердо стоящими в восточном отцепреданном благочестии, большинство же, если не почти все, уклонились бы в слух погибельный папежского злочестия». «Если бы не прекратил Господь его, Медведеву, ересь, и злословие, и лесть, и мятеж — не спаслась бы всякая православная плоть!»