Статья в «Еженедельнике ЧК» обсуждалась на всех уровнях. 25 октября 1918 г. Президиум ВЦИК признал, что «высказанные в ней мысли о борьбе с контрреволюцией находятся в грубом противоречии с политикой и задачами Советской Власти. Прибегая по необходимости к самым решительным мерам борьбы с контрреволюционным движением, помня, что борьба с контрреволюцией приняла формы открытой вооружённой борьбы, в которой пролетариат и беднейшее крестьянство не могут отказаться от мер террора, Советская власть отвергает в основе, как недостойные, вредные и противоречащие интересам борьбы за коммунизм меры, отстаиваемые в указанной статье. Президиум Центрального Исполнительного Комитета самым решительным образом осуждает как авторов статьи, так и редакторов “Еженедельника ЧК”, поместивших эту статью».
Президиум ВЦИК постановил детально ознакомиться с деятельностью ВЧК и её отделов и назначил с этой целью специальную комиссию. Одновременно для урегулирования деятельности центральной и местных чрезвычайных комиссий, а также их взаимоотношений с другими советскими учреждениями Президиум ВЦИК назначил комиссию по выработке «Положения о Чрезвычайных комиссиях» под председательством Я.М. Свердлова. Вместе с тем Президиум указал «на необходимость продолжать безпощадную систему борьбы с контрреволюцией и контрреволюционерами».
28 октября 1918 г. Президиум ВЦИК утвердил выработанное комиссией «Положение о Всероссийской и местных чрезвычайных комиссиях». ВЧК в качестве органа Совета Народных Комиссаров признавалась центральным органом, «объединяющим деятельность местных чрезвычайных комиссий» и работающим в тесном контакте с народными комиссариатами внутренних дел и юстиции. Председатель ВЧК входил в коллегию Народного комиссариата внутренних дел. В свою очередь, комиссариаты внутренних дел и юстиции должны были делегировать своих представителей в ВЧК. Местные чрезвычайные комиссии согласно «Положению» комплектовались местными советами или их исполкомами на равных правах с остальными их отделами, причём члены местных ЧК назначались и отзывались исполкомами. Вышестоящим органам ЧК предоставлялось право посылать в нижестоящие органы своих представителей с правом решающего голоса, а также приостанавливать и отменять их постановления.
Амнистия. По предложению Совета Народных Комиссаров VI Всероссийский Чрезвычайный съезд Советов 6 ноября 1918 г. объявил амнистию.
Постановлением съезда предписывалось освободить из заключения всех лиц, задержанных органами борьбы с контрреволюцией, которым в течение двух недель со дня ареста не было предъявлено или не будет предъявлено обвинения в непосредственном участии в заговоре против советской власти или в подготовке оного, или в организации белогвардейских сил, или в содействии тем партиям и группам, которые явно поставили себе целью вооружённую борьбу против советской власти; освободить из заключения всех заложников, кроме тех из них, временное задержание которых необходимо как условие безопасности товарищей, попавших в руки врагов.
«Всем Революционным Трибуналам и народным судам предписывается в срочном порядке пересмотреть списки осуждённых ими лиц и применять досрочное освобождение в самых широких размерах в отношении тех, чьё освобождение не представляет прямой опасности для республики…»
В постановлении съезда содержалось положение о необходимости предъявлять конкретные обвинения всем задержанным органами борьбы с контрреволюцией и о запрещении каким бы то ни было организациям, кроме ВЧК, брать заложников.
На съезде было принято общее постановление «О революционной законности», которое закрепило требование революционной законности в качестве важнейшего принципа деятельности всех советских учреждений.
В тот период проходило заседание Совета Обороны по поводу взаимодействия ВЧК с транспортными органами. Дело было серьёзное в силу кромешного безпредела и бандитизма, и потому под председательством Ленина была создана специальная комиссия, которая должна была разработать соответствующее положение. Но тут есть один интересный факт. На заседании комиссии Ленин собственноручно написал заметки с предложениями. Лично мне очень понравился один пункт: «Более строго преследовать и карать расстрелом за ложные доносы». Жаль, что это благое пожелание не вошло в официальный текст.
