У спартанцев главную роль снова занял хитрый Лисандр. Хотя спартанскими законами было запрещено давать одному человеку вторично звание наварха, нашли средство обойти закон, чтобы угодить общему желанию всех союзных городов и самого Кира. Лисандр был назначен помощником нового наварха Арака, который был навархом только по имени, в действительности же военачальником сделался Лисандр. Его деятельность тотчас внесла новую жизнь в военные действия. Получив благодаря Киру обильный запас платья и обуви, в чем в особенности нуждалось его войско ввиду приближавшейся зимы, Лисандр собрал у Геллеспонта все корабли и завладел богатым городом Лампсаком. Афиняне со 180 кораблями поспешили за Лисандром и расположились напротив Лампсака у Эгоспотамов. Их положение было невыгодным: вблизи вовсе не было гаваней, а значительная отдаленность города Сеста, откуда они получали съестные припасы, заставляла воинов покидать корабли и разбегаться по берегу, что было весьма опасно на виду у постоянно и зорко наблюдавшим за ним противником. Алкивиад, все еще преданный своему отечеству, прибыл из своей крепости к стратегам, обратил их внимание на опасность занимаемого ими положения и предлагал им перейти к Сесту. Но стратеги приказали ему удалиться, так как теперь не он, а они начальствовали, и Алкивиад вернулся к себе. С прибытием афинян Лисандр держал в гавани свой флот и войска постоянно готовыми к бою, но не вступал в сражение, несмотря на то, что афиняне ежедневно вызывали его сразиться с ними. Афиняне каждый вечер разбегались по берегу для закупки съестных припасов и при виде притворной робости неприятеля делались все беспечнее и самонадеяннее. Но именно этого и желал Лисандр, сменивший на этот раз львиную шкуру на лисью. Посылая каждый раз корабль для наблюдения за удалявшимися афинянами, он из получаемых сведений убеждался все в большей и большей их беспечности. Наконец на пятый день, увидав издали с посланного им корабля условный знак о том, что афинское войско, по своему обыкновению, оставило корабли и рассеялось по окрестностям, Лисандр со своими судами быстро двинулся вперед и без боя овладел неприятельским флотом, оставшимся почти без всякой защиты. Один только Конон с восемью кораблями спасся бегством на Кипр, к царю Эвагору, а девятый корабль послал в Афины с известием о совершенном истреблении афинского флота.
Весть об этом поражении произвела в Афинах удручающее впечатление. Почтовое судно «Парала» прибыло в Пирей ночью. Крик отчаяния пронесся от гавани до Афин, и «никто не мог в эту ночь заснуть спокойно.
Но сильнее этой скорби был страх возмездия за все притеснения со стороны афинян во время господства их на море. Первый акт мщения разыгрался в военном суде в Лампсаке, когда Лисандр появился после сражения. Здесь он казнил 3.000 пленных афинян и первым из них стратега Филоклеса. Последней жертвой должны были пасть сами Афины. Сначала Лисандр покорил принадлежавшие Афинам города на Геллеспонте и среди них Византию и Халкедон. Другая часть его флота в то же время без труда завладела фракийскими городами. Во всех покоренных городах была введена олигархия. Управление в этих городах было поручено какому-нибудь спартанцу в качестве гармоста (правителя), при котором состоял совет десяти мужей, выбранных из образованных в них перед тем обществ — гетерий. Были покорены также и острова, за исключением Самоса, который оказал сопротивление. Всех попадавших в плен афинян и афинские гарнизоны покоренных городов Лисандр отпускал в Афины, рассчитывая, что скопление людей произведет там недостаток в съестных припасах и голод.
Создав новые порядки на Геллеспонте и островах, Лисандр приступил к осаде Афин. Он расположился со 150 кораблями перед Пиреем. Явившийся для той же цели с сухопутным войском Павсаний соединился в Декелее с войском Агиса и обложил город с суши. В городе, переполненном людьми, скоро наступил страшный голод. Решено было вступить в переговоры с Агисом. Он отправил послов с предложением мирных условий в Спарту. Но по прибытии в Селласию ввиду того, что просьба их о пощаде гавани и стен не была уважена, они были отправлены эфорами назад. Это произвело в Афинах новый ужас и замешательство. Спартанцы соглашались на заключение мира только при условии срытия стен в Афинах на протяжении десяти стадий. Некто Архестрат высказал в народном собрании мысль, что лучше быть заключенным в темницу, чем согласиться на эти условия. После этого никто из афинян не решался высказаться за принятие предложенных спартанцами условий.