Затем Александру пришлось подавить восстания в Бактриане и Согдиане и взять приступом несколько сильных крепостей. При взятии одной из них он пленился отличавшейся необыкновенной красотой Роксаной, дочерью царя Оксиарта. К величайшему удовольствию местных вельмож, он сочетался с ней браком. Александр сделал это также и из политических видов. Как видно из всех его распоряжений, для него было очень важно не только не казаться персам чуждым царем — притеснителем и завоевателем, но напротив того, убедить их в том, что он не смотрит на них, как на порабощенный народ. Для этого он окружил себя азиатским дворцом, принял персидские обычаи, в особенности бывшие в употреблении коленопреклонение перед царем, сам носил царскую повязку на голове, принял в свою свиту знатных персов, доверил им важные должности и приказал обучить 30.000 персидских юношей греческому языку и македонскому военному искусству. Слить Запад с Востоком, открыть и подчинить Западу сокровища последнего, связать их обоих узами эллинской образованности — вот в чем заключались стремления Александра. Но привыкшие к республиканским учреждениям греки и гордое македонское благородное сословие смотрели с презрением и негодованием на персидский образ жизни Александра и не хотели и слышать о коленопреклонении. Они называли его неблагодарным за то, что он после того, как они отслужили ему свою службу, предоставил следовавшие им в награду отличия побежденным. Лишь немногие из друзей Александра, как например, Гефестион и Кратер, не только не сердились на него, но с самоотвержением разделяли его планы, хотя в то же время не могли скрывать от себя, что подобное настроение македонян могло привести к серьезным столкновениям. Александр позволял себе такие поступки, которые бросали значительную тень на его героический образ.
Первым прискорбным поступком подобного рода была казнь Филета — сына престарелого, прославленного Пармениона. Филот, который сам пользовался большим уважением царя и командовал отрядом, был обвинен в том что, зная о заговоре против царя в стране дрангов, не раскрыл его. По обычаю македонскому, обвиненный царем перед войском, он был признан виновным и пронзен копьями. Смерть его повлекла за собой и смерть Пармениона. Он был действительным главой недовольных. В свое время Парменион советовал Александру согласиться на предложенные Дарием условия, ибо сам желал возвратиться в отечество и сумел возбудить в войске страстное желание окончания тягостного похода. В описываемое время он командовал в Эктабане значительным военным отрядом, охранявшим собранные в этом городе сокровища. Александр мог опасаться мщения этого могущественного полководца, почему и решил отделаться от него. К находившимся на службе у Пармениона двум военачалыникам Клеандру и Мениду, был послан гонец с приказанием умертвить Пармениона. Они тотчас исполнили повеление. В то время, когда Парменион, ничего не подозревая, спокойно прогуливался в саду, они приблизились к нему, передали письмо царя и, когда Парменион стал читать, Клеандр нанес ему смертельный удар. Голова Пармениона была отослана Александру.
Другая не менее ужасная сцен разыгралась в Мараканде (Самарканде). На одном празднестве, когда вино разгорячило головы пирующих, льстецы стали уверять, что деяния Александра превосходят подвиги Геркулеса, Кастора и Поллукса и царя Филиппа. Клит с гневом объявил, что без деяний Филиппа Александр никогда не достиг бы той высоты, на которой находится. Затем, изливая на Александра целый поток бранных слов, он воскликнул: «Эта рука спасла тебя!» Клита увели из комнаты, но он снова вернулся через другую дверь и продолжал браниться. Воспаленный гневом Александр воскликнул, что его постигнет участь Дария, выхватил у одного из телохранителей копье и прежде, чем кто-нибудь успел удержать его, поразил Клита. В то же мгновенье гнев и опьянение Александра прошли. Поступок его показался ему вдвойне ужасным, ибо Клит спас ему жизнь при Гранике, а сестра его была его воспитательницей. Три дня он не хотел ни есть, ни пить и, плача и вздыхая, лежал на одре своем. Только утешения друзей и занятия делами рассеяли его горесть.
Одним из самых низких льстецов царя был софист Анаксарх из Абдеры. На одном веселом пиру он завел речь о том, что Александру за совершенные им подвиги следует при жизни воздать божеские почести, под которыми он понимал боготворение и коленопреклонение. Но против этого предложения сильно восстал философ Каллисфен из Олинфа, ученик и зять Аристотеля. Он доказывал, что этим будет нанесено оскорбление богам и греческой свободе. Македоняне присоединились к его мнению. Но Александр глубоко оскорбился поступком Каллисфена и скоро ему представился случай отплатить философу жестоким образом. Между македонскими благородными юношами составился заговор против царя.