В это время Помпей расположился с войском в Диррахии. Здесь было собрано огромное количество запасов и, кроме того, постоянно подвозились поставки и денежная помощь из азиатских государств, находившихся под властью римлян. Было значительно усилено войско. Вскоре Помпей собрал девять легионов, к которым присоединились вспомогательные войска из Галатии, Каппадокии, Сирии и Греции. Но общее руководство таким войском было затруднительным и даже почти невозможным, так как солдаты различались между собой по происхождению, нравам и языкам. К этому присоединялось самомнение второстепенных начальников, которые не считали нужным подчиняться приказаниям главного военачальника. Уже вследствие одного этого военная дисциплина сильно пошатнулась, но она совершенно исчезла от дурного примера, который подавали солдатам военачальники своим роскошным образом жизни. Они жили в убранных со всевозможною роскошью палатках, спали на мягких подушках и проводили дни и ночи в невоздержных оргиях. Поэтому нет ничего удивительного в том, что солдаты роптали, говорили, что им одним предстояло переносить труды, голод и жажду, жар и холод, опасности и раны. Самым же вредным оказывалось влияние, которое имели на решения Помпея собравшиеся в Фессалониках сенаторы и всадники, принадлежавшие к его партии. Их речами руководили честолюбие и мстительность. Они присвоили себе право отсюда управлять государством и вмешиваться в военные дела. Речи, произносимые в здешних «заседаниях сената», дышали мщением. В тщеславном ослеплении были отвергнуты все мирные предложения Цезаря. Они уже мысленно делили между собой его богатства и почести, так как были уверены в победе войск Помпея над Цезарем.
Наконец, Цезарь обратился против Помпея. Он высадился в Диррахии с 15.000 пехоты и 600 всадников. Но 30 кораблей, отправленные им назад для доставки остальных войск, были захвачены и сожжены моряками Помпея. Начальник неприятельского флота Либон учредил вдоль всего берега настоящий дозор, не было никакой возможности переправить остальное войско. Цезарю не оставалось ничего другого, как укрепиться на берегах реки Апса. Он опасался, что будет совершенно отрезан от Италии и войско может погибнуть от лишений, холода и болезней. Однако через несколько месяцев, когда положение Цезаря стало почти отчаянным, отважному Марку Антонию удалось переправить три легиона и 800 всадников. Для этого он направился несколько севернее и обошел главные неприятельские силы, расположенные у Диррахия. Благоприятствовало и то обстоятельство, что вместо господствовавшего до тех пор южного ветра вдруг подул сильный западный, который погнал часть кораблей Помпея на скалы. Антоний привел войска к Цезарю, но часть кораблей были захвачены сыном Помпея Гнеем.
Теперь соединившиеся войска сделали попытку окружить Помпея. Для этого они устроили исполинский вал вокруг лагеря Помпея. Помпей построил со своей стороны оборонительный вал и производил частые вылазки, но все старания его разбивались о храбрость закаленных войск Цезаря. В это время к Помпею перебежали от Цезаря два начальника галльской конницы и указали слабое место в линии укреплений. Помпей прорвал укрепление в этом месте и нанес Цезарю тяжелое поражение: было потеряно 32 знамени, тысяча солдат пали на линии укреплений. С пленными поступили самым бесчеловечным образом: Лабиен, бывший легат Цезаря в Галлии, приказал их убить.
Однако Цезарь не потерял мужества. Он решил отступить в глубь страны, покинув неплодородную область. Горными дорогами Цезарь прошел в Фессалию, где нашел такие богатые запасы, что его солдаты, перенесшие столько лишений, смогли оправиться. Вскоре за ним последовал и Помпей.
Оба войска встретились на Фарсальской равнине. Помпей выбрал выгодную позицию на возвышенности. Здесь он стал ожидать нападения врага. Но окружающие его лица насмехались над излишней осторожностью Помпея и говорили, что он намеренно затягивает войну, так как его честолюбию приятно как можно дольше быть предводителем столь славного войска. Помпей дал приказ готовиться к сражению. Когда Цезарю сообщили, что передовые части Помпея строятся в боевой порядок, он радостно воскликнул: «Благодарение богам! Наконец-то наступил счастливый день, когда мы будем бороться не с голодом, а с людьми».
