Награждается орденом Трудового Красного Знамени, медалями «За оборону Кавказа», «За доблестный труд в Отечественной войне 1941–1945 гг.».
1942 — На заседании ученого совета Геологического института им. И. М. Губкина АзФАН защищает докторскую диссертацию «Минералого-петрографические исследования в области основных и ультраосновных пород Азербайджана».
В этом же году от сердечного приступа умирает средний брат Мир-Таги, и его дети — Солмаз и Рена — становятся членами семьи академика и также станут впоследствии учеными.
1945, 27 марта — В созданной Академии наук Азербайджанской ССР М. Кашкай утверждается академиком-секретарем.
1946 — Утвержден в звании профессора по Азербайджанскому государственному университету им. С. М. Кирова, избран действительным членом и членом правления Всесоюзного минералогического общества, становится председателем Азербайджанского отделения ВМО.
Командируется в Иран в составе Комиссии Министерства цветных металлов СССР для изучения полезных ископаемых Южного Азербайджана.
1947 — Кашкай вступает во второй брак с Улдуз, дочерью Мир-Дамата Сеид-Гусейн оглу, скромного бухгалтера из Гянджи. Их совместная жизнь окажется долгой и счастливой. Старшей дочери он даст имя своей матери — Хабибы, младших назовет Айбениз и Гюльбениз.
1949 — На квартире академика арестовывается его родная сестра Рахшанде. Вместе с мужем Фаррухом Рафибейли она ссылается на долгие годы в Сибирь. Заботу о их детях возьмет на себя М. Кашкай.
1951 — Выполнение правительственных заданий — составление карт: геологической, полезных ископаемых и сейсморайонирования Азербайджанской ССР.
М. Кашкай добивается решения одного из своих главных научно-практических проектов — принимается правительственное решение за подписью И. В. Сталина о развитии в Азербайджане курортной зоны Исти-Су как всесоюзной здравницы. В Кельбаджарах развертываются научные исследования в области гидрогеологии, климатологии, бальнеологии.
1952 — Издательством АН Азербайджанской ССР выпускаются фундаментальные работы с участием М. Кашкая — монографии «Геология Азербайджана (геоморфология, стратиграфия)» и «Геология Азербайджана (петрография)».
Выходит в свет обширная монография «Минеральные воды Азербайджана», охватывающая все многообразие азербайджанских минеральных источников, их свойств и целебных качеств.
М. Кашкай избирается в руководящие органы оргкомитетов I Всесоюзного петрографического совещания в Москве (1952), Ташкенте (1957), Иркутске (1963), всесоюзных металлогенических конференций в Алма-Ате (1958) и Киеве (1960), становится членом редколлегии всесоюзного журнала «Советская геология». Заслуги ученого отмечаются очередной правительственной наградой — орденом «Знак Почета».
1956 — Впервые участвует в работе самого представительного форума геологов мира — Международного геологического конгресса (Мексика). В дальнейшем становится неизменным участником всех авторитетных научных симпозиумов, посвященных проблемам геологии.
1957 — Открывает в Кельбаджарском районе республики месторождение полезных ископаемых перлита и обсидиана (одно из крупнейших в мире), очень важных для народного хозяйства. По его проекту вскоре начинается промышленная разработка месторождения. Научным итогом открытия явилась монография «Перлиты, обсидианы, пехштейны и их минералого-петрографические и физико-химические особенности» (1961 год, совместно с А. Мамедовым. Издательство АН Азербайджанской ССР).
Работы азербайджанского ученого вызывают большой интерес за рубежом: следуют приглашения в Англию и Шотландию на 300-летие Геологического общества Англии, на сессию Британского минералогического общества, затем в Чехословакию для чтения лекций в Карловом университете, на сессию Международной минералогической ассоциации в Швейцарии.
1958 — Избран действительным членом Британского и Ирландского минералогических обществ. На следующий год становится действительным членом Минералогического общества США, а с 1962 года — Общества геологии и полезных ископаемых Японии. Командировка в Северо-Курильск, в район действующего вулкана Эбеко, где обычно собираются вулканологи со всех концов СССР. Изучение «информации», поступающей из недр Эбеко, позволяет уточнить представления об образовании рудных месторождений, узнать их природу и на основе собранного материала вести поиски полезных ископаемых в других районах СССР.
Исследования Кашкая о палеовулканических процессах в Азербайджане — особая страница в научных исканиях ученого.
1959 — М. Кашкай срочно снаряжает экспедицию на юг республики в Ярдымлинский район, на место падения метеорита. Экспедиция находит пять осколков космического «посланца».
1962 — В Баку выходит монография «Металлогения Азербайджана».
