И все же это было время кризиса, о его причинах до сих пор спорят историки. Говорят о климатических изменениях, о том, что рост населения превысил возможности расширения обрабатываемых площадей, что вызвало фазу продовольственных кризисов и эпидемий, усугубленных войнами. Ведь любое передвижение войск сопровождалось не только грабежами, насилиями и убийствами; армии были переносчиками микробов, а эпидемии оставались спутниками войн. В итоге, в начале XVII в. во Франции проживало меньше людей, чем в середине предыдущего столетия.
Францию затронул процесс перемещения центров европейской экономической жизни из Средиземноморья на побережье Атлантики. Французские короли с некоторым запозданием начали поощрять морские экспедиции. В 1535 г. моряк из Сен-Мало Жак Картье открывает Канаду, куда в 1543 г. снаряжается экспедиция Роберваля. Французы пытаются основать колонии во Флориде и в Бразилии, а французские корсары нападают на корабли, доставляющие серебро из Нового Света. И хотя первые колониальные опыты французов оказались неудачными (у королей не имелось возможности оказывать им регулярную поддержку), атлантические порты Франции набирали силу. Влияние Руана и Гавра, Дьеппа и Сен-Мало, Нанта и Бордо, а также неприступной Ла-Рошели усилится в результате Религиозных войн. Упадок ожидает Марсель, вотчину итальянских купцов, Лион утратит свои позиции, серьезные трудности переживет Тулуза.
Существенное воздействие оказала «революция цен», особо затронув поденщиков, наемных рабочих и ремесленников, не имевших ресурсов кроме заработной платы. Не случайно именно их называли главными виновниками смут и ереси в городах. Сеньоров кризис коснулся в разной степени. Те, кто образовал хозяйственные комплексы из земель своего домена и скупленных крестьянских цензив и сдавал их фермерам на условиях срочной аренды, могли приспособиться к изменениям рыночной конъюнктуры. Но это было характерно лишь для некоторых районов Франции, преимущественно северных. Многие сеньоры жили по-старому, и для части дворян, особенно для представителей младших ветвей, главным источником существования оставалась военная служба. С окончанием Итальянских войн они лишились и этого.
Многие считают, что Религиозные войны стали реакцией традиционного общества на успехи королевской власти. Принцы стремились возвратить былые права и привилегии, горожане хотели вернуть свои свободы и восстановить равновесие в городской общине, где все большую власть захватывали королевские чиновники. Однако в первую очередь причины войн носили религиозный характер. Конечно, кто-то желал нажиться на церковном имуществе, кто-то — устранить конкурентов, но и кальвинисты, и католики готовы были умереть за веру. Протестанты, обличая «идолопоклонников», разбивали статуи святых, разрушали церкви и монастыри. Католики, видя в протестантах слуг Антихриста, считали своим долгом их истребить, иначе гнев Господень падет на родной приход, город или королевство. Столкновения было трудно избежать.
Трагическую смерть Генриха II многие сочли доказательством воли Провидения, о котором говорил Кальвин. Король, гонитель «истинной веры», сам погиб в расцвете сил. Ряды протестантов множились, к ним шли те, кто считал себя обойденным — аристократы и ветераны Итальянских войн. Поскольку протестанты находились в тесной связи с Женевой, их прозвали «гугенотами» (от искаженного нем. Eidgenossen — союзник, член швейцарской конфедерации). Недовольных возглавили принц Луи Конде и Антуан Бурбон, женатый на Жанне д’Альбре, королеве Наваррской — представители знатнейшего рода Бурбонов, отодвинутого от власти «иностранцами», лотарингскими Гизами.
Если в борьбе за влияние на Генриха II аристократические клики уравновешивали друг друга, то при Франциске II (1559–1560) равновесие оказалось нарушено. Король, которому не исполнилось и 16 лет, находился под влиянием своей жены Марии Стюарт, и ее родни — Франсуа Гиза и кардинала Лотарингского. Гизы заботились о своей клиентеле: распустив армию, они сохранили жалование лишь для верных им частей. У ворот королевского замка в Амбуазе стояла виселица, на которой кардинал Лотарингский обещал повесить любого, кто станет досаждать королю просьбами о пенсии. При этом Гизы выступали защитниками католической веры, преследуя «еретиков».
