В Османской империи православные были стеснены в гражданских правах, но во внутренние дела церкви, в вопросы веры и канонического устройства турецкая власть предпочитала, за редким исключением, не вмешиваться. Константинопольский патриарх именовался «этнархом» или «миллет-баши» (дословно — «главой нации», поскольку в османской политической философии подданные одной веры составляли одну гражданскую нацию). Это обеспечивало патриарху немалые властные прерогативы, но и делало фактически заложником лояльности своих единоверцев: так, патриарх Григорий V в 1821 г., в первый день Пасхи, был обвинен в содействии восставшим грекам и после истязаний повешен. Основополагающие для реформ танзимата Гюльханейский хатт-и шериф (1839) и хатт-и хумаюн (1856) утвердили равенство подданных султана всех конфессий, однако на практике законы постоянно нарушались, и любое обострение политического положения могло привести к антихристианским погромам.
В XIX в. многие поместные православные церкви обрели каноническую самостоятельность, что было связано со становлением новых государств и с национально-культурным возрождением в балканских и ближневосточных странах. Формирование современного православного мира как «конфедеративного» единства Церквей проходило в непростых политических, экономических, социально-психологических условиях и порой даже было болезненным (так называемая «греко-болгарская распря» в 1870-х годах, возникшая из-за нежелания Константинопольского патриархата признать церковную независимость Болгарии). Тем не менее можно констатировать, что к концу столетия были заложены основы православной «Плиромы» («Полноты») — вселенского содружества автокефальных (т. е. «самовозглавляемых») Церквей, определены многие базовые принципы взаимоотношений братских Церквей и экуменического диалога.
В поиске ответов на вызовы времени началось возрождение православной мысли. Вели с последней четверти XVIII в. были оживлены традиции мистико-аскетической практики («умного делания») и старчества (их центрами стали, в частности, Нямецкий монастырь в Румынии, Саровская и Оптина пустыни в России), то к концу столетия сформировалась вполне самобытная светская линия русского православного философствования. Важным стимулом развития православного богословия, церковной публицистики, историко-церковной науки стал перевод Библии со славянского (церковно-славянского) на русский язык (окончательно завершен в 1876 г.). Большую роль в возрождении духовного просвещения в Константинопольской церкви сыграло открытие богословского училища на острове Халки в 1844 г. Огромное значение для всего православного мира имела духовная деятельность «монашеской республики» — обителей Святой Горы Афон (кстати, греческий п-ов Халкидики, к которому прилегает Афон, вплоть до 1912 г. оставался территорией Османской империи).
История русской церкви в XIX столетии во многом определялась политикой правительства и потому неотделима от перипетий государственного курса. Либерально-мистическая линия обер-прокурора А.Н. Голицына (1803–1816) в эпоху Александра I, консервативная политика обер-прокурора Н.А. Протасова (1836–1855) при Николае I, попытка «подморозить Россию» с использованием ресурсов церкви, предпринятая обер-прокурором К.П. Победоносцевым (1880–1905), — идейные истоки всех этих стратегий по отношению к церкви были внешними. Однако среди российских высших иерархов в тот период мы встречаем также немало сильных и самостоятельных деятелей: митрополит Платон (Левшин, 1737–1812) — автор первого научнокритического исследования по истории русской церкви, сыгравший ключевую роль в учреждении в 1800 г. единоверия (своеобразной формы присоединения старообрядцев к господствующей церкви — разрешалось сохранение старого обряда, но нужно было признать власть Синода); святитель Филарет (Дроздов, 1782/1783-1867) — плодовитый церковный писатель и администратор, автор Манифеста об освобождении крестьян (1861), благословивший работу над русским переводом Библии; святитель Иннокентий (Вениаминов, 1797–1879) — выдающийся миссионер, проповедовавший в Якутии, на побережье Охотского моря, на Камчатке, Аляске, Алеутских островах.
