Камнем преткновения для прогрессистов явилось дело Дрейфуса, которое началось как обычный судебный процесс, но в своем развитии привело к полномасштабному политическому кризису. В декабре 1894 г. военный трибунал по обвинению в шпионаже приговорил капитана генерального штаба Альфреда Дрейфуса к пожизненному заключению. Несмотря на доводы защиты, в 1897 г. новый суд не нашел оснований для отмены приговора. Но выступили наружу подлинные мотивы осуждения Дрейфуса — как еврей, сын эльзасского промышленника, он считался недостойным элиты офицерского корпуса. Грубое попрание законности возмутило демократическую общественность. Она потребовала не только оправдания Дрейфуса, но и наказания лиц, прежде всего военных чиновников, причастных к неправосудному приговору. Возникло движение дрейфусаров — сторонников пересмотра приговора, — которое поддержали в основном радикалы и социалисты. Противники пересмотра приговора немедленно образовали движение антидрейфусаров, которое опиралось на консерваторов, выступавших в защиту ложно понимаемой «чести армии», а также на националистов, проповедовавших ксенофобию и антисемитизм. По отношению к делу Дрейфуса сами прогрессисты разошлись во мнениях: одни (Жюль Мелин, Шарль Дюпюи, Феликс Фор) приняли сторону антидрейфусаров, другие (Александр Рибо, Луи Барту, Раймон Пуанкаре, Жозеф Кайо) — их противников дрейфусаров.
В июне 1899 г. президент республики Эмиль Лубе назначил главой правительства Вальдека-Руссо. В состав его кабинета вошли представители политических сил, выступавших в защиту республиканских учреждений, в поддержку законности и порядка, в том числе «независимый социалист» Александр Мильеран. Правительство приняло решительные меры против националистов, добившись ареста и препровождения в суд их вождей. Однако летом 1899 г. военный трибунал в ходе нового слушания в очередной раз вынес капитану Дрейфусу обвинительный приговор. Властям не оставалось другого выхода, как прибегнуть к процедуре помилования. Лишь в 1906 г. кассационный суд полностью реабилитировал Дрейфуса.
На рубеже столетий едва ли не все взрослое население Франции разделилось на дрейфусаров и антидрейфусаров. Традиционное противостояние левых и правых вновь приобрело классически ясные очертания. Однако характер этого противостояния существенно изменился. Дело Дрейфуса добило роялизм старого толка. Легитимисты и орлеанисты практически сошли со сцены, уступив место правому радикализму, окрашенному в монархические цвета, который олицетворяли писатель Шарль Моррас и возглавляемое им движение «Французское действие» («Аксьон франсэз»). Теперь левые и правые расходились во взглядах не столько на форму правления, сколько на политические цели и ценности самой республики: левые отдавали приоритет правам человека и гражданина, правые — государственной дисциплине и целесообразности. Хотя между теми и другими сложился своего рода консенсус относительно признания фактически существующей формы правления, левые упорно продолжали именовать себя республиканцами. Таким способом они стремились обосновать легитимность своих притязаний на власть в Третьей республике.
