Новым содержанием в «Энциклопедии» наполнялась и концепция истории, хотя она также сохраняла некоторые черты бэконовской схемы. Бэкон выделял две ветви, осененные единым божественным началом — естественную и гражданскую историю. Естественная включала в себя историю обычных явлений (исследующую природу в ее свободном проявлении), историю исключительных явлений (исследующую различные отклонения от естественного состояния) и историю искусств (механическую и экспериментальную историю, исследующую природу покоренную и преобразованную человеком). Гражданскую историю Бэкон делил на «собственно гражданскую» (в нее входили «мемории, адекватная история и древности»), историю наук и искусств, которую, по мнению философа, еще только предстояло создать, и церковную, подразделявшуюся на множество рубрик, в том числе и историю Провидения.
Дидро и Даламбер предпочли выделить священную и церковную историю в самостоятельные ветви, но оставили их совершенно неразвитыми, без каких бы то ни было дополнительных рубрик. Довольно слабой ветвью на их «древе знаний» смотрелась и гражданская история: энциклопедисты наполнили ее бэконовскими «мемориями, древностями и полной историей». Что же касается естественной истории, то она, на первый взгляд, повторяла схему Бэкона, вобрав в себя такие разделы, как единообразие природы, природные отклонения и природопользование. Однако, коротко описав те сферы знания, которые отражали природу в ее единообразии (небесная история, история атмосферных явлений, суши и моря, минералов, растений, животных и стихий) и в ее девиациях (небесные чудеса, необычайные атмосферные явления, чудеса на суше и на море, диковинные минералы, растения и животные, чудеса стихий), редакторы «Энциклопедии» исключительно подробно, в отличие от Бэкона, прорисовали схему знаний, относящихся к природопользованию. Именно эта ветвь естественной истории оказалась у них наиболее разработанной и оригинальной. На ней нашлось место не только обработке практически всех природных материалов (золота, серебра, железа, камня, драгоценных и полудрагоценных камней, стекла, гипса, шифера, кожи, шелка, шерсти и др.), но и трем с половиной десяткам ремесел — от ювелирного дела до выделки кож. Такое исключительное внимание к различным аспектам человеческой деятельности отражало принципиальную позицию энциклопедистов, наблюдавших в окружающем мире не промысел божий, а труд людей, преобразующих природу.
«Древо знаний», созданное воображением Дидро и Даламбера, воплощало в себе эпистемологическую стратегию Просвещения, в результате которой новая «царица наук» — философия — отвоевывала первенство у теологии, а преобразовательная деятельность человека одерживала верх над Провидением. «Древо» имело не только сугубо теоретическое, но и вполне практическое значение: оно являлось основой системы внутренних отсылок, которые позволяли читателю ориентироваться в гигантском массиве информации, разбросанной по страницам «Энциклопедии». Однако реальность всегда сложнее любой схемы. XVIII столетие не успело закончиться, как стало очевидным, что «система знаний», изобретенная отцами «Энциклопедии», далека от совершенства; что стремительное развитие науки и техники и столь же стремительная специализация и профессионализация всех областей знания и труда не позволяют человеческой деятельности втиснуться в отведенные ей рамки (правда, энциклопедисты сами предвидели это, оставив одну из ветвей своего «древа» свободной для дальнейшего роста, обозначив ее: «обработка и использование проч.»); что расширение пространственного, временного и аналитического горизонта, зафиксированное «Энциклопедией», продолжается, взрывая изнутри представления о линейном единстве знания. Поэтому второе поколение энциклопедистов, рекрутированное Панкуком, было вынуждено отказаться и от «древа знаний», начертанного их предшественниками, и от алфавитного принципа подачи материала, предпочтя ему тематические блоки.
Издательский триумф «Энциклопедии» имел важные последствия как в сфере книжного производства, так и в сфере интеллектуальных усилий просвещенной Европы. Вслед за «Толковым словарем наук, искусств и ремесел» на европейцев пролился поток разнообразных энциклопедий и словарей, активно конкурировавших друг с другом и готовивших почву для следующего столетия, которое Пьер Ларусс по праву назвал «веком словарей». Роль этих изданий расширялась, они стали восприниматься не только как инструмент познания наук и языков, но и как важный инструмент воспитания, формирования общей культуры человека.
