Осваивая приобретенные за океаном земли, обе иберийские державы придерживались политики изоляции своих американских владений от внешнего мира, что, разумеется, препятствовало расширению познаний о странах Западного полушария. Так, мадридское правительство, как правило, не допускало в заморские колонии и омывающие их воды иностранные научные экспедиции. В течение всего XVIII и первой четверти XIX в. исключения были сделаны лишь для известной комплексной экспедиции Парижской Академии наук во главе с Ш.М. де Ла Кондамином в Перу (1736–1743) и для знаменитого путешествия А. фон Гумбольдта и Э. Бонплана (1799–1804), которое современники называли «вторым открытием Америки». Даже испанским ученым крайне редко и неохотно давалось разрешение на проведение тех или иных исследований в колониях и публикацию соответствующих материалов. Тем не менее во второй половине XVIII в. там побывали несколько исследователей-испанцев, а в печати появились ценные свидетельства очевидцев.
В их числе был, в частности, изданный в Мадриде трехтомный труд ученого-иезуита А.М. Буррьеля «Сообщение о Калифорнии» (1757). Следует заметить, что это географическое название употреблялось в то время для обозначения региона, чьи границы являлись весьма неопределенными. Испанцы, а вслед за ними и другие европейцы, понимали под Калифорнией, по существу, всё тихоокеанское побережье от южной оконечности одноименного полуострова (именовавшегося Нижней Калифорнией) — мыса Сан-Лукас (примерно 23° с.ш.) — до неисследованного севера, включая иногда Аляску. Территорию, расположенную севернее полуострова, называли Верхней Калифорнией. Первая уже давно входила в состав вице-королевства Новая Испания: там был основан ряд иезуитских миссий, дислоцировались военные гарнизоны. Верхняя же Калифорния оставалась вне сферы испанской колонизации, хотя отдельные мореплаватели доходили до Монтерея, мыса Мендосино и даже до мыса Бланко (43° с.ш.).
Что же касается Южной Америки, то неоценимый вклад в дело изучения ее флоры внес выдающийся естествоиспытатель Х.С. Мутис, руководивший в 80-х годах XVIII в. ботаническими изысканиями в Новой Гранаде. Натуралисты И. Руис и X. Павон обследовали в 70-80-х годах внутренние районы Перу и Чили. Их отважный соотечественник — мореход и географ А. де Кордова в 1785–1786 гг. проследовал вдоль юго-восточного побережья Бразилии и восточных берегов Рио-де-ла-Платы до Магелланова пролива.
Финальной стадией изучения и освоения американского материка явилось продвижение испанцев в Верхнюю Калифорнию. Оно стимулировалось дошедшей до мадридского двора информацией о приближении русских к северо-западному побережью Америки, получившем импульс в результате Второй Камчатской экспедиции 1741 г. и нараставшем на протяжении 40-60-х годов XVIII в. В 1769 г. из Нижней Калифорнии на север отправились суда «Сан-Карлос» и «Сан-Антонио», а также сухопутные отряды Ф. де Риверы-и-Монкады и Г. де Портолы. Вскоре была основана миссия Сан-Диего, открыт вход в залив Сан-Франциско, учреждена миссия и построен форт на берегу залива Монтерей, основан ряд миссий на побережье между Сан-Диего и Сан-Франциско.
В 1774 г. Х.Х. Перес Эрнандес достиг 55° с.ш., а в следующем году экспедиция в составе трех кораблей (капитаны Б. де Эсета, Х.Ф. де ла Бодега-и-Куадра, X. де Айяла) продвинулась до 58°. Одновременно Х.Б. де Анса и Ф. Гарсес проложили сухопутный маршрут из провинции Сонора к побережью Верхней Калифорнии, где основали форт и миссию Сан-Франциско. Несколько лет спустя, в июле 1779 г., мореплаватели И. де Артеага и Х.Ф. де ла Бодега-и-Куадра достигли входа в залив Принс-Уильям (61° с.ш.) и объявили эту землю владением испанской короны. То была самая северная точка продвижения испанцев в Америке. Итак, в течение десятилетия граница государственных интересов пиренейского королевства на американском континенте переместилась далеко на север. В дальнейшем изучении этого региона с конца 70-х годов временно возникла пауза в связи с вступлением монархии Карла III в войну против Англии.
Испанская экспансия возобновилась лишь на исходе 80-х годов, когда в Мадрид поступило донесение вице-короля Новой Испании Флореса, будто петербургское правительство планирует направить к берегам Северо-Западной Америки два судна с целью занять Нутка-зунд — бухту в южной части островка Нутка, впервые обнаруженную в свое время на широте 49°30′ Пересом Эрнандесом. Чтобы предупредить мнимые намерения России в том районе, колониальные власти снарядили морскую экспедицию Э.Х. Мартинеса и Г.Л. де Аро, которая в 1789 г. прибыла в Нутка-зунд. Русских там не оказалось, зато выявилось присутствие давних врагов пиренейского королевства — англичан. Провозгласив эту территорию своим владением, испанцы захватили британские суда. В итоге ситуация, сложившаяся на рубеже 80-90-х годов вокруг Нутка-зунда, переросла в затяжной англо-испанский конфликт.
