Строгая централизация власти и государственная дисциплина, введенные Мулай Исмаилом, столь явно противоречили традициям Дальнего Магриба, что сразу же после смерти султана (1727) его режим рухнул. Горские племена отказывались платить государственные налоги и спускались на равнины для грабежа, в городах разгорались бунты, кочевники организовывали набеги на плодородные приатлантические равнины и ввязывались в распри с их населением. Тем временем многочисленные сыновья Исмаила начали затяжную борьбу за престолонаследие, известную как междуцарствие или Тридцатилетняя смута (1727–1757). В ходе этого длительного братоубийства ключевую роль сыграли «черные преторианцы» Исмаила, осознавшие, что они являются единственной организованной силой в Дальнем Магрибе. При их участии дети Исмаила часто менялись на престоле, в частности законный эмир-наследник Мулай Абдаллах в ходе боевых действий был четыре раза низложен (1728, 1735, 1736, 1745 гг.) и пять раз призван на правление (1727, 1729, 1736, 1740, 1745 гг.) различными общественно-политическими силами. Все это время Дальний Магриб оставался театром борьбы между темнокожими гвардейцами (абид), остававшимися хозяевами положения, горожанами Феса и Марракеша, привилегированными служилыми арабскими племенами и берберскими кочевниками. Возобновление кочевых миграций, частое разорение городов противоборствующими сторонами, засухи и голодный мор, поразившие страну в 40-х годах XVIII в., поставили под вопрос не только объем власти Алауитской династии, но и само ее существование.
Равновесие между противоборствующими силами Тридцатилетней смуты удалось восстановить лишь внуку Мулай Исмаила — Сиди Мухаммеду ибн Абдаллаху (1757–1790). Усталость населения от войн и ослабление негритянской гвардии позволили этому незаурядному правителю постепенно восстановить мир и относительный порядок в стране. В своих объединительных усилиях новый султан не мог полагаться на проведение силовой политики. Его военные силы были незначительны, а длительное междуцарствие и анархия раздробили Дальний Магриб на племенные территории, земли вольных портовых городов, владения влиятельных мурабитов и удельные княжества членов династии. Дальний Магриб слабо поддавался централизации. Наместники провинций были почти независимы от центра, а подчиненная власти султана территория редко превышала 1/3 площади Марокко. Духовная власть шерифских правителей признавалась марокканцами повсеместно, тогда как их претензии на сбор налогов решительно отрицались населением труднодоступных Атласских гор и полупустынных областей юга.
Поэтому Сиди Мухаммед и его преемники Мулай Язид (1790–1792) и Мулай Слиман (1792–1822) старались пользоваться своим шерифским престижем, который был довольно высок, а также междоусобицами суфийских братств и берберских племен. Управление страной по-прежнему осуществлялось в традиции «кочующего двора». В XVIII–XIX вв. Марокко имело четыре столицы — Фес, Марракеш, Рабат и Мекнес — и в каждой из них султан пребывал по несколько месяцев в году, постоянно перемещаясь с семьей, приближенными и армией по провинциям своего султаната и взимая налоги. Слабость внутрихозяйственных связей, кочевые миграции и межплеменные столкновения чрезвычайно затрудняли деятельность султанской администрации. Стабилизация внутреннего положения в Марокко была приостановлена только реформами Мулай Слимана. В начале XIX в. этот султан, подражая аравийским Саудидам, попытался ликвидировать автономию суфийских братств и вольницу берберских племен. Однако проваххабитские меры Мулай Слимана нарушили хрупкий баланс в отношениях государства и деятелей «народного ислама». В итоге насильственное очищение марокканского ислама от «незаконных нововведений» настроило против монарха-реформатора влиятельных местных мурабитов и суфийских наставников, обладавших безраздельным авторитетом у населения. Потерпев поражение в войне 1812–1822 гг. с берберскими племенами, Мулай Слиман вынужден был прекратить все реформы и отречься от трона.
К югу от Марокко, в приатлантической Сахаре с начала XVIII в. начали формироваться государства-эмираты. Их лидеры (эмиры) еще разделяли власть с собранием племенной знати (джама ‘а), но пост эмира уже переходил по наследству. Сами же джама‘а в эмиратах все реже переизбирались племенем и превращались из племенного «парламента» в совещательный орган при вожде. Однако власть эмиров оставалась непрочной, а их государства были слабо централизованы. Эмир сохранял скорее военную, чем политическую власть. Его отношения с арабской элитой, берберами и негроидами представляли собой своеобразный «вассалитет», основанный не на свободном договоре (как в феодальной Европе), а на военном принуждении, когда подданных заставляли платить натуральную дань. Поскольку вожди покоренных племен постоянно стремились к автономии, арабские «сюзерены» вынуждены были постоянно подтверждать свои права карательными походами и набегами для пополнения своих средств к существованию.
