Несмотря на жесткий контроль со стороны бакуфу, включавший в себя полный запрет на публичное обсуждение политических вопросов, следует иметь в виду, что даймё не рассматривались как враги режима. Каждый князь имел свою вооруженную дружину самураев. Сёгуны редко вмешивались во внутренние дела княжеств, где даймё выступали в качестве верховных распорядителей и судей. Даймё обладали правом сбора податей с подведомственной им территории в свою пользу, но они не платили налогов в государственную казну. В случае экстренной необходимости (ремонт сёгунского замка, ликвидация последствий пожара, землетрясения, тайфуна и т. п.) правительство могло только просить князей поучаствовать в каком-нибудь проекте, но не более того. Обычно князья соглашались на такие предложения, но объем участия решался на основе компромисса. Резиденции даймё в Эдо обладали экстерриториальностью — преступник мог скрыться там, и правительство бакуфу не имело легальной возможности вытребовать его оттуда. В случае опасности князья были обязаны поставлять центральной власти в Эдо свои войска, но в условиях отсутствия реальной военной угрозы их главная обязанность превращалась в XVIII в. в фикцию. Иными словами, князья имели достаточно прав, которые позволяли им сохранять весьма большую самостоятельность и чувство достоинства.
Самостоятельности княжеств способствовало и слабое развитие коммуникаций в стране. Панически опасаясь заговоров и мятежей, сёгунат не разрешал их принципиального улучшения (ширина главного тракта Токайдо, соединявшего Эдо, Осака и Киото, составляла около пяти метров), на строительства новых дорог и мостов накладывались серьезные ограничения. В то же самое время в 53 пунктах тракта Токайдо содержались постоялые дворы для путешественников, служба пеших гонцов с письмами и бандеролями преодолевала расстояние между Эдо и Осака за два-шесть дней. Для того чтобы процессия, сопровождающая даймё, преодолела то же самое расстояние, требовалось около 20 дней. Таким образом, внезапность передислокации воинских соединений была исключена.
Отношения сёгуната и императорского двора в Киото отличались двойственностью. С одной стороны, сёгун полностью контролировал двор. Император постоянно находился «под дворцовым арестом» — ему запрещалось покидать пределы своего дворца, охрану которого поочередно несли дружины самураев из разных княжеств. После визита в Киото Токугава Иэмицу в 1634 г. сёгуны перестали бывать в Киото. Зримым присутствием сёгуната в Киото был принадлежавший бакуфу огромный замок Нидзёдзё, который превосходил императорский дворец как размерами, так и убранством. Император и его аристократическое окружение (около 300 семей), которое вело свое происхождение от синтоистских божеств, не имели никаких военных и почти никаких материальных ресурсов и находились в этом отношении в полной зависимости от благорасположения бакуфу.
С другой стороны, несмотря на то что император не имел никакого влияния на принятие решений, он продолжал обладать достаточно высоким ритуальным и церемониальным статусом. Император («сын Неба») считался земным воплощением Полярной звезды (тэнно) и отправлял ритуалы, ставящие своей целью обеспечение благоденствия страны. Новый сёгун обретал официальный статус только после указа императора. Его окружение получало придворные ранги и придворные должности тоже только с согласия императорского двора. Для придворных из Киото такая «продажа» должностей служила одним из немногих средств пополнения своего бюджета. В отличие от древности придворные ранги и должности не обеспечивались соответствующим содержанием, но без них военные чувствовали себя людьми «неполноценными». Сёгуны временами подкрепляли свой авторитет с помощью «династических» браков. Так, в 1620 г. дочь сёгуна Токугава Хидэтада была отдана замуж за императора Гомидзуноо (1611–1629), а их семилетняя дочь Мэйсё даже заняла в 1629 г. императорский трон; впервые после VIII в. на троне оказалась женщина. Члены императорского рода обеспечивали и ритуальную охрану сёгунских предков: в буддийском храме Бодайдзи в Эдо, где отправлялись поминальные службы по членам сёгунского рода, настоятелем служил принц крови, местом рождения которого был Киото.
