Вскоре после начала Второй мировой войны часть коллекции эвакуировали в город По, другую хранили в крипте кафедрального собора Святого Бавона, ратуше и библиотеке университета. Какие-то произведения бесследно исчезли, так как немцы экспроприировали самые лучшие вещи (восемь панно с изображением «Поклонения Агнцу» братьев Ван Эйк из вышеназванного собора обнаружили американские военные в апреле 1945 в шахте Альт-аус-Зее, где их спрятали нацисты). Здание Музея снова было занято немецкими войсками, а затем превращено в руины. Восстановить его в прежнем виде удалось лишь в 1951.
Огромную роль в пополнении собрания сыграло общество «Друзья музея», организованное в 1897 и существующее по сей день. Его идейным вдохновителем стал крупный бельгийский меценат Фернан Скриб. Деньги могли жертвовать не только члены общества, но и все граждане, желающие присоединиться к покупке произведений искусства.
Во избежание интриг при приобретении работ современных мастеров были установлены правила, согласно которым разрешалось покупать полотна художников, умерших не менее тридцати лет назад, и строго по два произведения в год.
И, разумеется, коллекция пополнялась благодаря меценатам, дарившим или завещавшим Музею принадлежавшие им произведения искусства. Так здесь оказались портреты Тинторетто, Равестейна, Терборха, «Портрет сумасшедшего» Жерико, натюрморты Хеды и Фейта, пейзажи Коро и Добиньи.
Сегодня собрание уже не растет такими темпами, как раньше, несмотря на щедрую финансовую поддержку. На данный момент усилия кураторов направлены на восполнение его пробелов. Актуальные темы — покупка произведений конца XIX — начала XX века для лучшего понимания бельгийского искусства и увеличение числа работ иностранных мастеров того же времени.
В Музее экспонируются произведения европейских художественных школ разных эпох, но, пожалуй, больше всего современной бельгийской живописи. В разделе графики особый интерес представляет обширная коллекция рисунков (более четырехсот) известного бельгийского скульптора Жоржа Минне, его работам отведен целый зал. В отдельном зале представлены графические произведения замечательного художника Бельгии XX века Жюля де Брейкера.
Большой зал Музея украшен великолепными гобеленами, пять из которых происходят из городского замка графов Фландрских и выполнены в 1717 брюссельским мастером Урбаном Лайнирсом. Их сюжеты взяты из античной мифологии и представляют Орфея и муз, триумф Венеры, Диану, Афину Палладу и Марса. Другие шпалеры с изображением эпизодов жизни персидского царя Дария ранее находились в аббатстве Святого Петра и созданы Питером ван ден Хекке, жившим в Брюсселе в конце XVII века.
В собрании фламандской живописи в Музее представлены произведения прославленных художников — Рубенса, Ван Дейка, Йорданса, Снейдерса, Фейта, а также менее известных мастеров XVII столетия — Керстиана де Кейнинка и Иоса де Момпера. В голландской коллекции — работы Франса Халса, Яна ван Гойена, Вильгельма ван де Вельде, Николауса Маса, Яна де Брайа. Французскую школу представляют произведения Добиньи, Коро и «Портрет клептомана» Теодора Жерико.
Коллекция бельгийского искусства XIX и XX веков — самая значительная часть собрания Музея и наиболее полно характеризующая состояние искусства страны в этот период. В ней — портреты кисти Тео ван Рейссельберге, большая картина «Лекция Эмиля Верхарна» Анри Эвенпула и загадочные произведения Фернана Кнопфа. Различные направления в искусстве того времени — неоклассицизм, реализм, экспрессионизм, импрессионизм — представлены работами таких художников, как Эмиль Клаус, Джеймс Энсор, Огюст Роден, Эмиль Антуан Бурдель, Оноре Домье, Альбер Марке и других.
В зале искусства XX века находятся полотна известных бельгийских мастеров: Констана Пермеке, Густава де Смета, Жана Брюссельманса, Рене Магритта и Поля Дельво, творчество которых представляет ведущие современные художественные направления в стране — экспрессионизм и сюрреализм. Кроме того, в Музее много произведений абстракционистов.
Гентский музей является членом Фламандской коллекции искусств, Объединенного товарищества музеев изящных искусств, куда входят также Королевский музей изящных искусств в Антверпене и Музей Гронинге в Брюгге. По совокупности собраний три эти музея располагают наиболее полной и разнообразной коллекцией фламандского искусства, охватывающей период с XIV века до наших дней.
