Боевая деятельность военного комиссара Фабрициуса была высоко оценена Советской республикой. 10 марта 1919 года приказом Революционного военного совета «Ян Фрицевич Фабрициус за непрерывную самоотверженную работу на фронте в огне» был награжден орденом Красного Знамени. Он получил орден № 4. Его первым среди всех военных комиссаров отметили этой наградой.
В тот же день 49-й Гдовский стрелковый полк «за исключительный героизм в боях против контрреволюции» был награжден Реввоенсоветом республики Почетным знаменем Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета. В этом же приказе говорилось: вручение знамени поручается товарищу Фабрициусу, военному комиссару 10-й дивизии.
Фабрициус выехал в полк. Перед строем зачитал приказ. Знаменосцы сняли чехол. Из рук Фабрициуса знамя принял командир полка Нил Блинов.
Комиссар полка Петр Смородин опустился на колени, поцеловал алое полотнище и воскликнул:
— Поклянемся, товарищи, до последней капли крови защищать родную Советскую власть!
И полк ответил:
— Клянемся!
Гдовцы сдержали клятву, данную у Красного знамени полка…
В середине февраля Михаил Николаевич Васильев был назначен командармом Эстонской красной армии. Грустно было расставаться Фабрициусу и Васильеву. За то время, что пришлось им вместе воевать, завязалась между ними большая дружба. Ян Фрицевич сказал другу, что очень благодарен ему за военную выучку.
— Взаимно, Ян Фрицевич, взаимно, — ответил Васильев. — Весьма благодарен за помощь по линии политической. И еще хочу вам сказать на прощание: в последнее время вы делаете успехи в области тактики. Операцию под Ригой провели весьма успешно. Полагаю, что больше принесете пользы на командной должности. Если пожелаете, могу сейчас же взять комбригом.
— Дорогой Михаил Николаевич, вы явно преувеличиваете мои способности, — улыбнулся Фабрициус. — Не по плечу унтеру генеральская должность.
— А все-таки подумайте. Должен признаться: мне трудно будет без вас, товарищ комиссар, очень привык, считай, без малого год вместе, — тихо произнес Васильев, обнял и поцеловал друга…
Одной из важнейших задач в работе комиссара Фабрициус считал своевременно отмечать отличившихся бойцов. Он благодарил их перед строем, награждал ценными подарками, настоятельно рекомендовал рассказывать об их мужестве и военном мастерстве в газетах и листовках. Так было и тогда, когда девятнадцать красноармейцев совершили подвиг у деревни Лезги. Они отбили две атаки усиленного батальона противника, поддерживаемого огнем бронепоезда, и удержали перепаханные разрывами траншеи. Фабрициус побеседовал с командиром взвода коммунистом Владимиром Савиным и написал заметку «Геройский подвиг». Она была опубликована в газете «Псковский набат», а затем отпечатана листовкой. В ней политический отдел 10-й дивизии призывал: «…учитесь мужеству, стойкости, верности Советской республике у храбрых защитников Лезги. Имея в своей среде таких передовых борцов за коммунизм, Красная Армия сломит все белогвардейские банды».
Военный комиссар Фабрициус считал своим долгом информировать Центральный Комитет партии и лично В. И. Ленина о существенных недостатках и промахах на петроградском участке фронта.
Стремясь как можно быстрее разрешить целый ряд важных и принципиальных вопросов, Фабрициус послал в конце апреля 1919 года обстоятельный доклад Председателю Совета Обороны В. И. Ленину и Председателю ВЦИК М. И. Калинину. В докладе он резко и обоснованно критиковал некоторые постановления Наркомата по военным и морским делам, возглавляемого Троцким.
В начале 1919 года были установлены новые оклады жалованья для личного состава Красной Армии. По этому положению нестроевые красноармейцы тыловых команд стали получать 500 рублей, а фронтовики — только 350 рублей. Подчеркивая возмутительное несоответствие в окладах, Фабрициус просил В. И. Ленина отменить этот приказ, как вредительский, способствующий разложению воинской дисциплины на фронте.
В докладе Фабрициус подробно разбирал вопрос о подготовке преданных Советской власти красных командиров из среды рабочих и крестьян и высказывал мнение, что военный комиссар «обязательно должен быть специалистом военного дела, помощником командира в решении сложных боевых задач».
Фабрициус приводил характерные факты, свидетельствующие о том, что отдельные партийные организации на местах задерживают мобилизованных на фронт коммунистов как незаменимых руководящих работников, и считал это не чем иным, как узаконенным дезертирством.
Фабрициус решительно протестовал против установления в военных комиссариатах семичасового рабочего дня. Он считал: «…во имя победы над врагом надо работать круглые сутки».
В заключение доклада Фабрициус просил В. И. Ленина дать указания об очищении рядов Красной Армии от чуждых элементов.
Председатель Совета Обороны В. И. Ленин, прочитав этот доклад, направил его в Революционный военный совет республики для принятия необходимых мер.
