В 1998 г. состоялся государственный переворот. Группа заговорщиков из числа силовых министров, поддержанная радикальной оппозицией, предъявила Тер-Петросяну ультиматум и заставила его досрочно сложить полномочия. В этом тихом государственном перевороте принял деятельное участие и тогдашний глава ГУНБ Саркисян, он был в числе силовых министров, заставивших президента сдать власть без боя. Новым президентом стал бывший лидер карабахских армян Кочарян, главное действующее лицо заговора, в тот момент он являлся премьер-министром страны. Из тюрем были сразу выпущены многие оппозиционеры и «дашнаки», а в ГУНБ прошли чистки, Саркисян избавлялся от сторонников экс-президента и АОД. Кампания вылилась в новые политические преследования, теперь в роли жертв выступали известные соратники опального президента. Так, главком внутренних войск генерал Маркарян после покушения па него обвинил в организации переворота ГУНБ во главе с Саркисяном. О подготовке покушения заявил и уволенный с должности глава Службы охраны президента при Тер-Петросяне генерал Казарян, известный своей дружбой с российским коллегой Коржаковым. После сообщения о готовящемся на него покушении Казарян в 1998 г. предпочел эмигрировать. Скрылся и личный друг Тер-Петросяна и глава МВД при нем Сирадегян, его обвинили в приказе на ликвидацию нескольких оппозиционеров в середине 90-х и объявили в международный розыск. В 1999 г. Вано Сирадегян вернулся в Армению из Объединенных Арабских Эмиратов и был арестован, по тому же делу взяты под стражу и несколько офицеров ГУНБ.
Начальник ГУНБ Саркисян недолго занимал свой пост при новом президенте Кочаряне. В 1999 г. террористы из группы Унаияна ворвались в армянский парламент и открыли стрельбу. Пострадало более десятка депутатов, а также спикер парламента Демирчян (бывший первый секретарь компартии Армянской ССР) и премьер-министр страны Вазген Саркисян. После гибели своего однофамильца-премьера и других жертв стрельбы в парламенте Саркисян и был удален с должности главы ГУНБ с формулировкой «за халатность», что не помешало ему вскоре стать главой аппарата президента Кочаряна.
Первые независимые азербайджанские спецслужбы образовались на базе республиканского КГБ. Новая структура получила название МБ (Министерство безопасности), ее возглавил соратник Аяза Муталибова и последний глава республиканского КГБ Гусейнов, за которым прочно закрепилась слава главного усмирителя Бакинского восстания НФА 1990 г. Параллельно была создана и новая служба Военной разведки. Главным спецназом Азербайджана стал бывший милицейский республиканский ОМОН (Отряд милиции особого назначения), переименованный с 1992 г. в ОПОН (Отряд полиции особого назначения).
При Муталибове в Азербайджане продолжились тайные акции МБ и Военной разведки против Карабаха и поддерживавшей его борьбу Армении, несмотря на одновременное членство обеих республик в СНГ. Но главным направлением удара стали националистическая оппозиция НФА и радикалы партии «Мусават», а позднее исламисты групп «Товба» и «Джейшуллалах». Главный штаб НФА был взят штурмом спецназом. ОПОН был использован для пресечения рабочих забастовок на фабриках Баку и Гянджи.
Правление Аяза Муталибова оказалось недолгим: летом 1992 г. он был вынужден к отставке уличными выступлениями сторонников НФА и бунтом националистически настроенных офицеров, приведших в Баку свои части с карабахского фронта. На сторону протестующих перешел ОПОН. Муталибов сдал власть оппозиции и бежал в Россию, где укрывается по сей день. В Российской Федерации скрылись и многие верные ему сотрудники МБ и спецназа, включая министра безопасности Гусейнова, выдачи которого новый режим НФА во главе с президентом Эльчибеем требовал из-за того, что Гусейнов руководил разгромом восстания в Баку.
При националистическом режиме Абульфаза Эльчибея и партии НФА, взявших курс на дружбу с Турцией и исламским миром, МБ было сохранено. Министром безопасности был назначен Акперов, затем его сменил старый соратник Эльчибея и активист НФА Тахмазов. Военной разведкой руководил Газичев, организатор увода с фронта бунтующих частей на поддержку мятежа в Баку и ветеран НФА. За год правления Эльчибея (1992–1993 гг.) МБ при участии советников и инструкторов турецкой разведки МИТ продолжало диверсии против армян в Карабахе. С оппозицией разбирались столь же жестоко, как и при Муталибове. Были разгромлены и оппозиционный союз «Гардашлыг», и исламская партия «Товба». Редакция газеты «Гардашлыг» была ликвидирована при налете МБ и спецназа ОПОН при личном участии главы МБ Тахмазова и министра внутренних дел Гамидова. При них же в Азербайджане официально открылось представительство пантюркистской террористической организации «Серые волки», в которую Гамидов официально вступил. Налаживались связи с другими исламскими группами террора за рубежом, а также с сепаратистами Дудаева, которым через Баку переправлялись арабские добровольцы с Ближнего Востока и оружие.
