Шведы отклонили предложение о капитуляции. 1 октября начался артиллерийский обстрел. Десятки бомб обрушились на крепость. Мирные жители, главным образом жены офицеров, «ради великого безпокойства от огня и дыму» попросили разрешение оставить Нотебург. Ответил сам царь, придавший своему отказу юмористический оттенок. Мол, он, капитан-бомбардир Петр Михайлов, не осмеливается даже передать эту просьбу Шереметеву, «понеже ведает он подлинно, что господин его фельдмаршал тем разлучением их опечалити не изволит, а если изволят выехать, изволили бы и любезных супружников своих вывесть купно с собою». В сомнительном с точки зрения юмора отказе царя не было стремления к излишнему кровопролитию. То была обычная практика XVIII века, заставлявшая прибегать к любым средствам, ведущим к победе.
Офицерские жены своих «супружников» из Нотебурга «вывести с собою купно» не смогли. Осада продолжилась. 11 октября последовал штурм. Охотники на лодках пристали к острову. Выскочили, облепили лестницами стены — оказались коротки! У трех проломов, пробитых артиллерией, атакующих встретили плотными выстрелами. Петр, наблюдавший за штурмом с берега, велел бить отбой. Но это была уже не та армия, которая показывает спину при первой неудаче. Командир семеновцев, подполковник Михаил Голицын осмелился нарушить приказ. Он велел оттолкнуть от берега лодки, чтобы не было соблазна отступать, и бить барабанщикам приступ. Теперь уже ничего не оставалось, как победить или умереть. Солдаты кинулись на второй штурм. В самый разгар сражения подоспел с подкреплением Меншиков. Исход сражения оставался неясным, когда противник, исчерпав силы, выбросил белые флаги.
Штурм дорого обошелся русской армии. Были убиты и умерли от ран более 500 человек. 22 человека за трусость были повешены.
Взятие Нотебурга завершило третий год войны. Петр, правда, остался верен себе и предложил продолжить «генеральный поход». Но этому решительно воспротивился Шереметев, объявивший, что люди устали «всесовершенно», а «паче же лошади», отошавшие на худых кормах. Лошади — не люди, и против такого аргумента оказался бессилен даже царь. Он приказал отвести полки на зимние квартиры, а сам спешно отправился в столицу. «Сам ведаешь, сколько дела нам на Москве», — сообщил он с дороги Борису Петровичу.
Ранняя весна следующего года застала Петра в армии. Правым лесистым берегом Невы русские полки подошли к Ниеншанцу, небольшой крепости, закупорившей устье реки (примыкавший к крепости городок к этому времени был уже разорен самими шведами). В конце апреля начались осадные работы. Затем последовали штурмы, отраженные неприятелем. Впрочем, исполнив свой долг, защитники крепости согласились начать переговоры. 1 мая гарнизон капитулировал. На следующий день Петр вошел в крепость, дав ей новое название — Шлотбург.
Почти в то же время, ничего не зная о капитуляции, к крепости подошли два судна из эскадры адмирала Нумерса. Они приветствовали гарнизон орудийным залпом. Им наугад ответили, и введенные в заблуждение корабли бросили якоря. Можно представить, как загорелись глаза Петра при ошибке шведов. Позднее в письмах соратникам царь станет ссылаться на Шереметева, который якобы приказал капитану Петру Михайлову и поручику Меншикову взять «на шпагу» фрегаты. Но, конечно, адресаты писем ни на минуту не могли усомниться, кто выступил инициатором дерзкой затеи.
7 мая корабли «Гедан» и «Астрил» были атакованы 30 лодками с солдатами. Половиной лодок командовал Петр, другой — Меншиков. У шведов в сумме было 18 пушек, по 9 орудий на борт — не так уж и мало, чтобы отразить абордажные партии. Однако лодки налетели столь неожиданно, что неприятель не воспользовался выгодами своего положения. Корабли были взяты «на шпагу». Поскольку шведы «пардон зело поздно закричали», сгоряча многих покололи.
Петр был чрезвычайно горд победой. По его приказу Тихон Стрешнев должен был сыскать в архиве Разряда упоминание об аналогичных случаях в отечественной истории. К удовольствию царя, боярин сообщил, что искать «нечево, примеров таких нет». Это было не совсем точно. Чуть меньше пятидесяти лет назад донские казаки именно так захватили недалеко от этого места, у острова Котлина, будущего Кронштадта, шведскую галеру. На Черном море запорожские и донские казаки на своих легкокрылых стругах-чайках также не раз брали на абордаж турецкие каторги. Но сказанное вовсе не умаляет совершенного солдатами и офицерами 7 мая 1703 года. Петр с чистой совестью мог приказать вычеканить памятную медаль с надписью: «Не бываемое бывает».
