Глава опричной думы А.Д. Басманов настоятельно убеждал царя вновь пустить в ход машину террора, поскольку в обстановке острого внутреннего кризиса всякое проявление слабости со стороны правительства могло иметь для него катастрофические последствия. Вновь, как и при учреждении опричнины, царь и его приспешники попытались укрепить свое положение с помощью насилия и террора.
На другой день после диспута в соборе Грозный решил наказать «клятвопреступника» Филиппа, нарушившего обязательство не вступаться в опричнину. Были водворены в тюрьму главные советники и приближенные митрополита. Через некоторое время митрополичьих старцев вывели из тюрьмы и забили насмерть железными батогами, водя по улицам столицы1617. В те же дни, свидетельствуют очевидцы Таубе и Крузе, опричники схватили многих слуг бояр, придворных, кравчих, стольников. Одни были повешены, другие избиты палками и брошены в тюрьму1618.
Источник сугубо документального происхождения, государев синодик опальных дает наиболее точное представление о начавшихся избиениях в земщине и доказывает, что репрессии против митрополита были тесно связаны с репрессиями против Федорова и его «сообщников»1619. Согласно синодику, на улицах Москвы погибло четверо митрополичьих советников, среди них Федор Рясин, служивший «митрополичьим меховщиком» (сборщиком пошлин), представитель семьи Мануйловых, издавна служивших в боярах у митрополита и т. д.1620.
Ко времени выступления митрополита против опричнины конюший Федоров был сослан в опале в Коломну1621. Царь не решился казнить его, но зато приказал перебить его ближайших советников и разорить его родовые вотчины в Коломенском уезде. Отряд опричника Г. Ловчикова перебил в «коломенских селех» Федорова 20 его людей1622. На основании писцовых книг можно установить, что под Коломной располагались родовые вотчины Челядниных села Кишкино и Мартыновское, в которых было до 1000 четвертей пашни и много десятков крестьянских дворов1623. Двадцать человек, погибших во время погрома, были в основном боярские слуги и дворня.
После разгрома Коломенских сел царь послал опричного голову М.Л. Скуратова с отрядом громить федоровские вотчины в Губине Углу1624. Малюта чинил расправу с еще большей свирепостью, чем Ловчиков. Кровавые подвиги в вотчинах Федорова положили начало быстрому возвышению Скуратова в опричнине.
Главные владения Федорова располагались на границе с Новгородской землей в Бежецком Верху. Там ему принадлежали село Борисоглебское с 1158 четвертями пашни, село Семенцово и т. д.1625 Грозный лично возглавил карательный поход в бежецкие вотчины конюшего. В походе, продолжавшемся до 5 недель, участвовали многочисленные опричные отряды1626.
Лиц, подозреваемых в измене, пытали и под пытками заставляли называть имена «сообщников». Оговоренных людей казнили без суда, а иногда и без предъявления обвинения. Следствие производилось в строгой тайне. Осужденных били батогами, добиваясь выдачи всего имущества, а затем казнили. Тех, у кого ничего нельзя было заполучить, убивали прямо на улице. К одежде убитого обычно прикрепляли краткую записку, в которой указывались причины казни. Таким образом преступления «заговорщиков» доводились до всеобщего сведения1627.
За время карательных экспедиций опричники перебили 135 боярских людей, из которых большинство (128 человек) названы в синодике людьми конюшего. Федоров был одним из богатейших людей своего времени, на его землях жило много тысяч крестьян. Очевидно, опричный террор не затронул крестьянского населения боярских вотчин и обрушился главным образом на голову его слуг, вассалов и дворни1628. Жестокая расправа с вооруженной свитой конюшего объяснялась очень просто. Согласно официальной версии, Федоров готовился арестовать Ивана и произвести переворот с помощью своих слуг и подданных, будто бы посвященных в планы заговора1629.
На основании записей синодика можно заключить, что всего по делу о заговоре конюшего Федорова опричники казнили примерно 130–150 дворян и приказных и более 290 боярских холопов1630.
Репрессии носили в целом беспорядочный характер. Хватали без разбора друзей и знакомых конюшего, бывших казанских ссыльных, родню находившихся в эмиграции дворян и т. д.
Под предлогом борьбы с заговором опричное правительство произвело самую основательную чистку командного состава дворянского ополчения и приказного аппарата земщины. Виднейшими участниками процесса конюшего Федорова были члены знатных старомосковских фамилий Морозовы-Шеины, Сабуровы и Колычевы.
