В феврале 1813 года Груши был отдан приказ снова возглавить 3-й корпус кавалерийского резерва, который начал формироваться в районе Меца. Генерал написал письмо военному министру А. Ж. Кларку, в котором отказывался руководить кавалерийским корпусом, ввиду того, что еще не вполне оправился от ран, полученных в России, и просил назначить его командующим каким-нибудь пехотным соединением. Реакция Наполеона на эту просьбу была однозначной: 1 апреля 1813 года Груши был отправлен в отставку. Все складывалось для генерала весьма неудачно – и разгромная катастрофа в России, и невозможность получить вожделенное место военачальника более высокого ранга, все это больно задевало его самолюбие. Поэтому не удивительно, что, выйдя в отставку, Груши впал в депрессию.
В июле того же года пасынок Наполеона, принц Евгений, предпринял попытку помочь генералу вернуться в армию, направил прошение Бонапарту, но император не удостоил его ответом.
После ряда поражений французов в сентябре – октябре под Кульмом и Лейпцигом, когда возникла реальная угроза вторжения войск союзников на территорию Франции, Эммануэль Груши сам подал прошение о восстановлении его в армии в любой должности. На этот раз Наполеон вспомнил о просьбе принца и назначил Груши в Итальянскую армию. Однако генерал не успел еще отправиться к новому месту службы, как получил новое назначение – возглавить кавалерию Французской армии ввиду того, что Мюрат присоединился к антифранцузской коалиции и эта должность оказалась вакантной.
После боя при Краоне, в котором Груши получил серьезное ранение в бедро, он вынужден был покинуть действующую армию. Но, как оказалось ненадолго…
Вскоре, как известно, император отрекся от престола и Бурбоны вернулись к власти. Людовик XVIII великодушно решает сохранить за маршалами их звания и высокое положение, но такое количество высших офицеров не нужно, и многих все-таки понизили в должностях и званиях. Груши сделали лишь первым инспектором конных егерей в чине генерал-лейтенанта. Узнав об этом, генерал написал протест Людовику XVIII и в конце открыто заявил, что предпочитает подобному назначению отставку. Такая несправедливость со стороны новых властей, возможно, и послужила толчком для обиженного Груши присоединиться к экс – императору во время знаменитых «Ста дней».
Вот как описывал В. Бешанов действия Бонапарта после его ссылки на остров Эльба: «Оставаясь на Эльбе, Наполеон зорко следил за обстановкой в Европе, внешне делая совершенно равнодушный вид и играя в “солдатики” со своим многочисленным войском. Он видел, что возможность его возвращения на французский престол не исключена. Тем более, что после стольких побед и славы прозябание на затерянном в море клочке суши было не для этого дерзкого и отважного корсиканца. Сам Наполеон позднее писал: “Я не могу умереть на этом острове и кончить свое поприще в покое, который был бы недостоин меня… Все заставляет меня надеяться, что, увидя меня, армия поспешит ко мне”».
Первого марта 1815 года Наполеон решился на смелый шаг и, оставив остров Эльбу, во главе небольшого отряда в 1400 человек вернулся во Францию, чем вызвал колоссальную волну недовольства среди европейских стран, участвовавших в это время в Венском конгрессе. Груши сразу же перешел на его сторону, вернулся в армию и снова возглавил французскую кавалерию. Возвращение Бонапарта вызвало не только недовольство в Европе, но и беспорядки в самой Франции: на юге страны немедленно вспыхнул мятеж роялистов-приверженцев королевской власти. Вот туда-то и был направлен Наполеоном генерал Груши, неоднократно ранее демонстрировавший опытность и мастерство в проведении подобных полицейских операций. И на этот раз он грамотно, оперативно и стремительно подавил восстание. Однако сопротивление на этом не закончилось. Марсель еще держал поднятым белый флаг. Генерал решил избежать ненужного кровопролития и добился победы путем переговоров.