После первых дней наступления Наполеон убедился, что овладеть Смоленском штурмом не удастся. Тогда он отдал приказ о бомбардировке города из всех орудий. «Злодеи тотчас исполнили приказ изверга, – вспоминал участник Бородинского сражения Ф. Глинка. – Тучи бомб, гранат и ядер полетели на дома, башни, магазины, церкви. И дома, и церкви, и башни объялись пламенем – и все, что может гореть, заполыхало». В боях за Смоленск французы потеряли 19 тысяч человек, русские – 10 тысяч.
Александр I покинул армию еще 19 июля и из Москвы отбыл в Петербург. Тем временем разногласия между Барклаем и Багратионом относительно дальнейшего хода ведения боевых действий нарастали. Этого не могли не замечать их подчиненные, от этого страдала армия: подкреплений не было, крайне медленно формировались резервы и ополчение, в тылу не проводились необходимые оборонительные мероприятия. Положение осложнялось тем, что командующие армиями обладали равными правами. Формально Багратион признавал старшинство Барклая как военного министра, но на деле ему не подчинялся. Оставаться в Смоленске становилось опасно, и Барклай отдал приказ об отступлении по Московской дороге. Он не хотел рисковать армией и чувствовал, что промедление грозит ей гибелью – ведь Наполеон мог обойти русские войска и ударить им в тыл, а затем и окружить. Однако очередное отступление вызвало недовольство не только в войсках. В высших кругах русского общества Барклая стали называть чуть ли не предателем. Но не предателем, не лжепатриотом он, конечно же, не был. Ряд объективных и субъективных обстоятельств вынуждали этого талантливого русского полководца в труднейшем положении действовать именно так. В объяснительной записке он изложил свою стратегию следующим образом: «…открыть отступное действие к древним границам нашим, завлечь неприятеля в недра отечества нашего и заставить его ценой крови приобретать каждый шаг, каждое средство к подкреплению и даже к существованию своему и, наконец, истощив его силы, с меньшим, сколько можно, пролитием крови нанести ему удар решительный». Целесообразность такой стратегии понимал даже противник: «То отступление, которое совершила русская армия в 1812 году от Немана до Москвы на расстоянии в 240 лье, не допустив себя расстроить или частично разбить такому неприятелю, как Наполеон… должно быть поставлено выше всех прочих». Но даже стратегически обоснованное отступление не могло длиться вечно…
В стране сложилась крайне напряженная военная обстановка. Император Александр I самоустранился от командования армией и выглядел растерянным. Еще в начале июля он писал Ермолову: «Стыдно носить мундир, ей-богу, я болен… Министр Барклай сам бежит, а мне приказывает всю Россию защищать». Стало совершенно очевидно, что прежде всего нужен полководец, способный возглавить всю русскую армию и самостоятельно, смело и профессионально решать все важнейшие вопросы, связанные с ведением войны.
Тем временем под напором французов русские продолжали отступать к Москве. Барклай де Толли по настоянию Багратиона, который открыто обвинил военного министра в отсутствии патриотизма, решил дать генеральное сражение у Царева-Займища. Конфликт между двумя командующими армиями принял настолько опасный характер, что в ситуацию был вынужден вмешаться сам император. Всем было ясно, что основной причиной военных неудач является отсутствие единого главнокомандующего русской армией.
Поиск кандидата на должность главнокомандующего был долгим и тщательным. Среди претендентов назывались такие известные военачальники, как П. И. Багратион, А. П. Тормасов, Д. С. Дохтуров, Л. А. Беннигсен. Все кандидатуры обсуждались 17 августа в Петербурге, на заседании особого комитета, где присутствовали председатель Государственного совета граф и генерал-фельдмаршал Н. И. Салтыков, тайные советники – князь П. В. Лопухин и граф В. П. Кочубей, министр полиции Балашев и петербургский главнокомандующий С. К. Вяземский. Но ни на одной из предложенной кандидатуры члены комитета свой выбор не остановили. Наиболее достойным, опытным и внушающим всеобщее доверие полководцем совет счел М. И. Кутузова. При этом высокие сановники прекрасно понимали, что после битвы под Аустерлицем при дворе о нем все, включая императора, и слышать не желали.