С 1993 года глава города Собчак на время своих зарубежных поездок стал оставлять Путина заместителем вместо себя, сохранив за собой должность руководителя комитета по внешним связям.
В обязанности Путина как зампреда петербургского правительства входили координация работы и взаимодействие мэрии с территориальным В марте 1994 года был назначен первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербургаи органами силовых и правоохранительных ведомств (ГУВД, Минобороны России, ФСБ России, прокуратура, суды, Таможенный комитет), а также политическими и общественными организациями.
В ведении Путина находились регистрационная палата, а также управления мэрии: юстиции, по связям с общественностью, административных органов, гостиниц.
В 1995 году возглавил региональное отделение партии НДР.
Помимо комитета по внешним связям, Путин руководил комиссией мэрии по оперативным вопросам.
В 1992-1996 годах Путин в числе "реформистски настроенных политических активистов" проходил тренинг по программе американского Национального демократического института международных отношений (National Democratic Institute for International Affairs, NDI).
Впоследствии многие из тех, кто вместе с Путиным работал в мэрии Санкт-Петербурга (И. И. Сечин, Д. А. Медведев, В. А. Зубков, А. Л. Кудрин, А. Б. Миллер, Г. О. Греф, Д. Н. Козак, В. П. Иванов, С. Е. Нарышкин, В. Л. Мутко и др.), в 2000-е годы заняли ответственные посты в правительстве России, администрации президента России и руководстве госкомпаний.
(Короткое отступление от биографии).
В 1992 году депутатской рабочей группой Ленсовета во главе с Мариной Салье и Юрием Гладковым (так называемой "комиссией Салье") против Путина как руководителя комитета по внешнеэкономическим связям было выдвинуто обвинение в махинациях в связи с программой снабжения Санкт-Петербурга продовольствием в обмен на сырьё. По утверждению самого Путина, фактически расследования комиссия Салье никакого не проводила, а в "уголовном порядке преследовать было не за что и некого". По мнению Путина, этот скандал часть депутатов Ленсовета пыталась использовать для воздействия на Собчака, чтобы тот его уволил.
Почему Марина Евгеньевна Салье молчала о Путине 10 лет?
Этотразговор с Мариной Евгеньевной помещается как один из многих моментов из жизни В.В. Путина, но момент характерный для показа человека, в руки которого отдана жизнь страны и её людей.
Марина Салье родилась в 1934 году в Ленинграде. В 1941- 1942 гг. находилась в блокадном Ленинграде. По профессии геолог, доктор геолого-минералогических наук. С 1957 до 1990 года работала в Институте геологии и геохронологии докембрия АН СССР. Автор более ста научных работ по геологии.
С 1987 года Марина Салье - активист и лидер демократических организаций и движений. Была лидером Ленинградского народного фронта (1988 - 1990), лидером Межрегиональной ассоциации демократических организаций (1989 -1990). В 1990 году стала одним из инициаторов создания и идеологом Свободной демократической партии России (СвДПР), активно участвовала в движении "Демократическая Россия".
В 1990 - 1993 годах Марина Салье была избрана депутатом Ленинградского городского Совета и стала председателем комиссии по продовольствию. Одновременно в 1990 -1993 годах была народным депутатом России.
Марина Салье - автор книг "Мафрупция, мафрупция! Мафия и коррупция" (1994), "История Свободных демократов России" (2000) и других.
2016 год начался со знаменательных дат. 10 лет назад приступил к исполнению обязанностей президента РФ Владимир Путин 16 лет прошло со дня смерти первого мэра Санкт-Петербурга Анатолия Собчака. И еще одна дата - ровно 16 лет с тех пор, как в глухую деревню Псковской области переехала Марина Салье, бывший народный депутат России, депутат Питерского горсовета. С тех пор как переехала, Марина ни разу не встречалась с журналистами.
Марина Салье хорошо знала Анатолия Александровича Собчака, а деятельности Владимира Путина в органах власти Санкт-Петербурга посвятила целое расследование. В 1992 году специальная комиссия Санкт-Петербургского горсовета по руководством Салье пришла к выводу, что по документам, подписанным председателем Комитета по внешним связям при мэре Санкт-Петербурга Владимиром Путиным, а также его заместителем Александром Аникиным, за рубеж были вывезены редкоземельные металлы, нефтепродукты и другое сырье на сумму более ста миллионов долларов. Это были бартерные контракты. Взамен в Санкт-Петербург, где продовольствия не хватало настолько, что на него уже были введены карточки, должны были поступить партии мяса, картофеля, птицы. Но не поступили. Отчет комиссии Салье был передан в прокуратуру и Контрольное управление администрации президента.
Однако расследование заглохло, а Владимир Путин не только не был снят с должности, как рекомендовал горсовет Петербурга, заслушав отчет Салье, но и получил повышение.