Сыновней любви у Алексея неоткуда было взяться. Петр нещадно бил сына. Все разговоры Петра с Алексеем в детстве ограничивались допросами, чему он выучился, как провел день. Отношение Петра к сыну колебалось между равнодушием и лютой злобой с ненавистью. Не было любви к отцу у Алексея, помнящего судьбу матери, насильственно заточенной в монастырь, когда ему исполнилось девять лет. Когда же Алексей был изобличен в том, что тайно посетил свою мать в Суздальском монастыре, гнев отца дошел до предела.
Свою жену, принцессу Шарлотту, Алексей то жестоко бил беременную сапогами по животу, то падал в обморок, видя, как она мучается в предродовых схватках.
Петр Великий обращался к своему наследнику с такими посланиями: «Горесть меня съедает, видя тебя, наследника, весьма в направлении дел государственных непотребного» и «Так остаться, как желаешь быть, ни рыбой ни мясом, невозможно. Не то я с тобой как со злодеем поступлю». Петр I грозит сыну, собираясь постричь его в монахи. Никаких особых грехов за Алексеем не числится, но он сын нелюбимой Евдокии, возле него группируются силы, недовольные Петром.
Алексей, напуганный угрозами отца, захватив с собой свою любовницу Ефросинью, бежит в Вену под покровительство австрийского императора, родственного ему по жене. Император обещает не выдавать своего зятя и ассигнует ему пенсию — три тысячи флоринов ежемесячно.
Петр I выманил сына в Россию, пообещав ему исполнить давнюю мечту, — разрешить женитьбу на Ефросинье. Это была ловушка. 3 февраля 1817 года в Кремле устраивается торжественное собрание духовенства и высших гражданских чинов. Совершается суд над недостойным сыном. Алексей в качестве обвиняемого является «без шпаги», бледный и перепуганный.
Нерешительность, трусость и физическое отвращение к какому-либо труду заставили его бежать от соблазна, на который толкали его окружающие, и бегством царевич погубил дело своих ближайших друзей, как и дело активного выступления инстинктивно тянувшейся к нему оппозиции. Дело это было раскрыто как раз в тот момент, когда оно из тесного кольца окружавших царевича лиц стало пускать свои корни в массу. В этом мы можем убедиться из тех заявлений подчас фанатического сочувствия царевичу Алексею, какое неоднократно высказывалось в обществе и смело повторялось в застенке.
В 1718 году Петр потребовал у подданных отречения от наследника Алексея Петровича и присяги своему второму трехлетнему сыну (от Екатерины) Петру Петровичу. 2 марта Петр I был в церкви. Во время богослужения перед ним явился старик и подал ему бумаги. Петр принял их и развернул первую: это был печатный экземпляр присяги царевичу Петру Петровичу и отречение от царевича Алексея Петровича. Под присягою, где следовало быть подписи присягающего, написано было крючковатым, но четким крупным почерком:
«Святым пречестным Евангелию и животворящему Христову Кресту поклоняюся и лобызаю ныне и всегда за избавление моих грехов и за охранение от тяжких моих видимых и невидимых врагов; а за неповинное отлучение и изгнание всероссийского престола царского Богом хранимого государя царевича Алексея Петровича христианскою совестью и судом Божиим и пресвятым Евангелием не клянусь и на том животворящего Креста Христова не целую и собственною своею рукою не подписуюсь, еще к тому и прилагаю малоизбранное от богословской книги Назианзина могущим вняти в свидетельство изрядное, хотя за то и царской гнев на мя произлиется, буди в том воля Господа Бога моего Иисуса Христа по воле Его святой за истину аз раб Христов Иларион Докукин страдати готов. Аминь, аминь, аминь».
Смертного приговора оказалось недостаточным, чтобы успокоить свирепость Петра.
Записи гарнизонной канцелярии рассказывают о пытках, которые производились в тот день, когда произошла «скоропостижная смерть Алексея». Лефорт сообщает: «В день смерти царь в четыре часа утра отправился в подземелье. Здесь в сводчатом подземелье Алексея подняли на «кобылу». Удары кнутом вместо палача наносил сам царь».
Алексей умер раньше, чем приговор успели привести в действие. Царский манифест, подписанный Петром, указывает на «жестокую болезнь, подобную апоплексии». Все остальные современники указывают иную причину: царевичу была отрублена голова. Девице Крамер было поручено пришить голову к телу казненного. Позже эта умелая портниха сделает придворную карьеру и станет гофмейстериной великой княжны Натальи, дочери казненного Алексея.
Дабы избежать в будущем появление самозванцев, тело старались сохранить как можно дольше.
Члены дипломатического корпуса осведомились у Петра, как быть с ношением траура. Его ответ был краток: «Царевич умер, как преступник. Траура не полагается».
Народная молва зачислила Алексея в святые мученики.
В сентябре 1722 года в надворный суд вломился «вельми шумный» сын площадного подьячего, Иван Михайлов.
— Кто ваш государь? — заорал он, обращаясь к дежурному.
— Наш государь, — отвечал дневальный, — Петр Великий, император и самодержец всероссийский.
