Лисандр приступил к мобилизации сил Пелопоннесского союза, наводя у союзников порядок, хитростью и силой подавляя выступления охлоса и поддерживая аристократию. В Милеете он несколько раз использовал войска для примирения демократических и аристократических «партий», создавая преимущество последней. Освобожденные от афинян города получали правите-лей-гармостов, опирающиеся на спартанские гарнизоны. Гармосты подчинялись только эфорам. Лисандр добился, чтобы функции гармостов были не только военными, но и политическими. Аристотель писал, что в этот период власть наварха, объединившая военную и политическую функции, больше всего приближалась к царской.
Решающее морское сражение Второй Пелопоннесской войны состоялось осенью 405 года у берегов Фракии. Афинский флот был сосредоточен в Эгоспотамах близ Сеста, служившего продовольственной базой. Ал-кивиад пытался убедить афинских стратегов перевести флот в гавань Сеста, но его не послушали - вероятно, из чувства презрения за прежние предательства и проигранное сражение. Корабли афинян попытались вызвать спартанцев на сражение близ захваченного последними Лампаска. Но Лисандр не принял вызова, сохранив выгодное положение в гавани. Афиняне отвели свои 180 триер к прежней стоянке в Эгоспотамах.
Этот эпизод повторялся четыре дня подряд. Спартанцы не принимали бой, и афиняне потеряли бдительность. Разведка Лисандра донесла о том, что экипажи афинян разбредаются по берегу. Дисциплина в «демократическом» войске была низкой. На пятый день 170 кораблей Лисандра внезапно атаковали афинский флот, расположившийся на стоянке. Панику наделало также сухопутное наступление спартанского отряда. Менее часа понадобилось, чтобы не просто разбить, а захватить афинский флот. Лишь 9 триер успели скрыться, остальные вместе с 3 тыс. пленных попали в руки Ли-сандра.
Плутарх пишет, что Лисандр присудил казнить всех пленных, включая стратега Филокла. Спросив, какую бы Филокл сам выбрал себе казнь, Лисандр получил в ответ предложение победителю творить над пленником то, что он сам претерпел бы при поражении. Этот эпизод домысливается Плутархом (вслед за Теофрастом) и превращается в зверскую казнь всех плененных афинян. На самом деле казнь Филокла имела совершенно иной смысл. Дело в том, что этот афинский стратег стал известен после того, как убедил народное собрание Афин постановить, что пленным спартанцам надо отрубать большой палец на правой руке, чтобы лишать их способности пользоваться оружием или веслом. За это Лисандр и казнил Филокла. Что же касается других пленных, то вряд ли они были казнены. Для этого не было никаких оснований - ни ярости после трудного сражения, ни политической целесообразности. А обычай диктовал милость к прекратившим сопротивление.
Стратегия Лисандра была не кровожадной, а коварной. На заключительном этапе войны она состояла в том, чтобы согнать афинян в Афины из всех других греческих городов. Афины, которые спартанцы не умели штурмовать, просто не выдержали наплыва беженцев. Скорее всего, среди них были и пленники Лисандра, убивать которых не было никакого резона, а кормить их должны были Афины. Блокированный с моря город был не в силах терпеть голод. Афиняне капитулировали.
Спартанцы не позволили своим союзникам сравнять Афины с землей, срыв лишь Длинные стены, соединявшие Афины с портом Пиреем, и сохранив побежденным всего 12 кораблей.
Лисандра возбуждала не кровь поверженных врагов, а перспектива неограниченной власти в Спарте. Военный триумф дожжен был повергнуть традицию. Тем более что при финансовой поддержке Персии Лисандр приобрел огромную силу и влияние не только в родной Спарте, но и во всей Греции. В зависимых от Спарты городах-государствах его поддерживала местная олигархия, аристократические круги в лице недавних противников афинской демократии. На Самосее уже были учреждены культовые празднества - Лисандрий; ему воздвигались алтари и приносились жертвы как богу.
Победи Лисандр уже сильно деградировавшую спартанскую традицию, и Спарта из города-государства могла превратиться в империю, в которой родилась бы новая великая традиция. Лисандр, как стало известно после его смерти, планировал заменить наследственный принцип царской власти выборным и включить в круг претендентов всех спартиатов. Однако амбиции прославленного стратега, получившего слишком большую власть, вскоре стали вызывать недовольство самих спартанцев - преимущественно тех, кто наблюдал за войной издалека и считал неизменность традиции залогом безопасности своего положения.
В 403 году для Спарты сложилась опасная ситуация. «Тридцать тиранов» Афин (формально - тридцать правителей) - ставленников Спарты - дважды разгромил в битвах демократ Фрасибул, известный своими морскими победами над спартанцами. Тираны были изгнаны из Афин. Тогда Лисандр был назначен гармостом Афин, получил сухопутное войско и сто талантов ссуды для поддержки афинского населения.
