Отмечая существенно возросшее значение НКВД в системе политического контроля в годы войны, важно подчеркнуть, что ситуация была далекой от произвола местных органов госбезопасности. Во-первых, региональное управление НКВД находилось под контролем центрального аппарата наркомата. Оно не только в безусловном порядке выполняло директивы НКВД, по всем вопросам, начиная от рутинных справок о количестве выявленных в городе шпионов («венгерских, румынских, финских, германских, английских» и т.п.) до политически исключительно важных мероприятий, таких как подготовка к Нюрнбергскому процессу и суду над военными преступниками в Ленинграде228, но направляло в Москву все приказы и распоряжения по агентурно-оперативной работе. В случае нарушения установленного порядка (например, задержки с отправкой документов) следовало строгое внушение из центра. Такая ситуация существовала и до войны, но в 1941 — 1945 гг. Наркомат внутренних дел издавал специальные приказы по этому вопросу229. Региональное управление регулярно информировало НКВД обо всех аспектах своей работы, передавая по телеграфу или спецпочтой десятки спецсообщений ежедневно. Часть этой информации в переработанном виде шла дальше по инстанциям, включая ГКО. Все отчеты об оперативно-агентурной деятельности подвергались тщательному анализу в наркомате и с соответствующим заключением переправлялись на Литейный230 .
Наиболее важные агентурно-оперативные мероприятия в обязательном порядке согласовывались с Москвой. В необходимых случаях соотвествующий руководитель отдела вызывался в наркомат для тщательного обсуждения деталей готовящейся операции. Иными словами, даже в условиях войны сохранялась давно установившаяся система взаимоотношений центра и регионального управления, исключающая произвол местных органов госбезопасности.
Известно, что в органах госбезопасности существовало два вида подчиненности — общеоперативная и по специальной оперативной линии. Это означало, например, что секретно-политический отдел, находящийся в составе УНКВД, в общеоперативном отношении подчинялся начальнику управления. Однако, наряду с таким подчинением, СПО (как и другие отделы) по специальной линии своей деятельности подчинялся одноименному управлению наркомата, от которого получал указания и перед которым отчитывался. Обычно эти указания сверху и отчеты снизу проходили через начальника УНКВД, но в ряде случаев они уходили наверх, минуя его. Это давало возможность руководителю низового органа НКВД по своей специальной линии подчинения даже без ведома своего непосредственного общеоперативного начальника снестись с вышестоящей инстанцией, включая наркома231. В Ленинграде примером такой инициативы было направленное в апреле 1942 г. спецсообщение СПО, адресованное Л.Берии, о намерении организовать в Ленинграде митинг голодных ученых, «являвшийся одной из форм подрывной деятельности существовавшей в Ленинграде фашистской организации».
Во-вторых, нельзя недооценивать роль военной прокуратуры в контроле за деятельностью органов НКВД. Существование «горизонтального» контроля со стороны органов военной прокуратуры примечательно само по себе, поскольку в литературе высказывалось мнение о маргинальной роли этого института в системе правоохранительных органов в период блокады или, по крайней мере, «сдержанности» прокуратуры в деле критики следственной работы НКВД232.
Еще в довоенное время между прокуратурой и УНКВД нередко происходили стычки по различным вопросам. Проблемы разгрузки ленинградских тюрем, условия содержания заключенных в подведомственных Управлению НКВД лагерях и колониях, как уже отмечалось, приводили к обмену жесткими по содержанию письмами руководителей УНКВД и прокуратуры, спор которых разрешался, как правило, в Смольном. Бюрократические по своей сути отношения этих двух институтов не только способствовали
В условиях войны, несмотря на это, штат военной прокуратуры был невелик (вместе с трибуналом — всего около 80—90 человек), ее сотрудники обеспечивали надзор за деятельностью органов госбезопасности, настаивали на соблюдении норм уголовно-процессуального кодекса оперативниками УНКВД в городе и области, принимали участие в следствии практически по всем делам по 58 ст. УК и, наконец, давали методические рекомендации по расследованию наиболее сложных дел, в том числе по делам об измене Родине.