Ночью пятеро ниндзя: Мотидзуки Ёэмон, Акутагава Ситиробэй, Нацуми Какускэ, Яманака Дзюдаю и Бан Гобэй – приступили к выполнению операции. Переодевшись стрелками-асигару, они пробрались на нейтральную территорию из лагеря Хосокавы Эттю-но ками и произвели залп из аркебуз в воздух, чем переполошили весь вражеский лагерь. Военачальник повстанцев Амакуса Сиро подумал, что начался вражеский штурм, и приказал свесить со стен замка фонари сару-би, которые светят и вверх, и вниз, и бросать со стены факелы. Он усилил оборону так, что и муравей не мог проскочить в крепость. В это время пятеро ниндзя спрятались в кустарнике и стали поджидать удобного момента, чтобы проникнуть в замок. Дождавшись, когда во вражеском лагере всё успокоилось, при помощи специальных веревочных лестниц они перебрались через стену. Акутагава Ситиробэй и Мотидзуки Ёэмон, которые первыми пробрались в замок, имели неосторожность свалиться в волчью яму. Враги, которые услышали шум падения, подняли крик: «Шпионы! Шпионы! Враги! Враги!» Тогда Ёэмон стал втягивать Ситиробэя обратно наверх, но как раз в это время набежала куча врагов. Поскольку было очень темно, а оба ниндзя были одеты так же, как враги, они затесались в толпу и начали бегать вместе с ней. Поэтому враг никак не мог их обнаружить. Но когда мятежники запалили факелы, обман раскрылся, и ниндзя пришлось удирать. Кога-моно вырвались из вражеской толпы, схватили один из штандартов с крестом, какие во множестве развевались на стенах замка, и бросились через стену. Тут враг обрушил на них град камней, так что ниндзя свалились вниз полуживыми. Видевшие это Нацуми Какускэ, Яманака Дзюдаю и Бан Гобэй, бывшие в резерве, немедленно бросились на помощь, подхватили их на плечи и вынесли с поля боя.
Наутро трое ниндзя явились в ставку главнокомандующего и доложили о результатах разведки. Мацудайра Нобуцуна был очень доволен и никак не мог нарадоваться на своих шпионов. Акутагава Ситиробэй и Мотидзуки Ёэмон, получившие тяжелые раны, были переданы в руки лучших лекарей.
В 20-й день 2-го месяца повстанцы организовали вылазку. Воспользовавшись суматохой, ниндзя проникли в крепость и узнали, что из продовольствия у армии Амакусы остались только морские водоросли – голод был не за горами.
В 27-й день 2-го месяца начался генеральный штурм. Ниндзя находились в непосредственном подчинении главнокомандующего, участвовали в захвате второго и третьего поясов обороны и до самого падения замка осуществляли связь со всеми даймё во время боя.
В 1-й день 3-го месяца Мацудайра предал огню замок Хара. В 12-й день 5-го месяца он с триумфом вернулся в Эдо и на следующий день получил аудиенцию у сёгуна Иэмицу и сделал подробный доклад о кампании. Ниндзя получили большую награду. А в письме Дзимбо Сабуробэя, которое было адресовано Мотидзуки Хёдаю, Акутагаве Ситиробэю и другим ниндзя и которое ныне хранится в доме Иванэ Камбэя, говорилось о том восхищении, которое вызвали у главнокомандующего подвиги ниндзя. Сам Дзимбо получил 500 коку за свою службу. А Мацудайра назвал свой замок в провинции Мусаси Оси-дзё, где оси записывается тем же иероглифом, что и синоби. Возможно, это было сделано в память о подвигах ниндзя во время осады Симабары.
Трансформация сущности оммицу
Начиная с эпохи Канъэй (1624.02–1644.12) наметилась новая тенденция в развитии секретной службы оммицу. К этому времени ситуация в стране в значительной степени стабилизировалась, и период опасливого отношения к потенциальным мятежникам-даймё ушел в прошлое. Тайные агенты всё меньше и меньше использовались для слежки за князьями и их вассалами, и в целом их численность сократилась. Однако система секретной агентуры не разрушилась окончательно, хотя и претерпела коренные изменения. Этому в немалой степени способствовало бурное развитие городов, прежде всего Эдо, Киото и Осаки, формирование городского сословия, увеличение численности населения в стране, рост числа крестьянских выступлений. В этих условиях усилия тайной службы всё чаще направлялись на поддержание порядка и контроль за настроениями масс. Таким образом, система мэцукэ постепенно трансформировалась из секретной службы политического и военного характера в полицейский аппарат. В этот период многие специалисты по ниндзюцу стали переходить под начало городских и храмовых управляющих (бугё). А деятельность по контролю за даймё хотя и не была полностью свернута, но продолжалась в гораздо меньших масштабах.