Показательно, что Стечкин, когда его причисляли к тому или иному типу ученых, всегда возражал: “Я — инженер-механик”. Окружавшие принимали такой ответ за проявление известной всем скромности академика. Да, Стечкин при всех его официальных и неофициальных заслугах был на редкость скромным человеком. Но в этом ответе, несомненно, звучала и позиция ученого. “Я — инженер-механик” произносилось тогда, когда в СССР профессия инженера фактически обесценилась как в идейном, так и в материальном отношении. Первую скрипку в промышленности власть отдала ученым. Это было следствием все того же “Дела „Промпартии””, все той же неприязни к инженерам, которая осталась у советской власти навсегда.
В 1930-м, а затем и в 1937 — 1943 годах Стечкин оказался единственным арестантом из числа бывших участников воздухоплавательного кружка Н. Е. Жуковского, созданного еще в 1909 году. Среди “кружковцев” именно он был более всех близок “отцу русской авиации”, именно на него старый профессор возлагал свои надежды в грядущем развитии отечественной авиации и авиамоторостроения.
И старый профессор не ошибся. Но только через сорок лет после кончины Н. Е. Жуковского, в год своего 70-летия, Борис Сергеевич утверждается директором организованного им Института двигателей, который быстро превращается в крупный научный центр и становится местом паломничества ученых и конструкторов разных специальностей.
Созданию Института двигателей, начавшего свою историю с Лаборатории двигателей при Академии наук в 1952 году, Стечкин посвятил полные десять лет. Общее число сотрудников института за это время увеличилось до 1700 человек и продолжало расти.
Сам Институт двигателей, впервые объединивший практически все проблемы двигателестроения, символизировал собой логическое завершение теоретических и практических начинаний Стечкина в его жизни.
Но вскоре оказалось, что деятельность Стечкина снова вошла в противоречие с властью. Для партийно-государственных структур, направлявших научную деятельность в стране, институт Стечкина, неожиданно для них ставший таким мощным и авторитетным, оказался той “народной стихией”, которую эти структуры допустить не могли “по определению”.
Институт двигателей был расформирован. “Теперь вместо него сделали 1389-е конструкторское бюро, как будто их прежде у нас было мало...” — заметил по этому поводу Борис Сергеевич, выступая в Академии наук.