От редакции «Нового мира» вступил в полемику заместитель главного редактора В. Я. Лакшин: «Наши некоторые газеты и журналы выступили с критикой этой повести, и пошел огромный поток почты, причем на 90% положительный. Люди возмущены тем проработочным, грубым и бездоказательным тоном, каким разговаривают с писателем со страниц „Красной звезды”, „Молодой гвардии” <…>». Лакшин прочитал письмо, подписанное академиком А. Д. Александровым и группой известных ученых из Новосибирска.
Единство писателей и литературных критиков произвело впечатление на команду политработников. Встретив единодушный отпор, генерал из Политуправления «сбавил обороты» и даже простодушно признал провал своих намерений: «Я хочу выступить не как официальное лицо, а как читатель и участник того большого разговора, который здесь состоялся вокруг повести Грековой „На испытаниях”. <…> Мы собирались обсудить повесть Елены Сергеевны, а началось что? Вышли за пределы этого обсуждения… И в результате не получилось того, что нам хотелось…»
В заключительном слове Елена Сергеевна сказала: «Я в Союзе писателей всего год, в отличие от того, сколько лет я в армии, я нашла здесь такое сочувствие и такую поддержку, что я глубоко тронута отношением, которое здесь встретила».
Несмотря на подавляющий перевес положительных оценок повести, как во время этого обсуждения, так и в читательской почте, И. Грекову перестали печатать. В 1972 году Е. С. писала: «Отношение ко мне определяется полным фактическим умалчиванием и совершенной невозможностью что бы то ни было напечатать. <...> В общем, можно считать, что из числа действующих писателей я фактически выбыла. Меня это не слишком огорчает, потому что у меня есть другой род деятельности»38.
Подошел срок проводимого в вузах раз в пять лет конкурса на право занятия должности профессора. Политруководство ВВИА усиливало давление на Елену Сергеевну и ее единомышленников, друзей, а также на членов Ученого совета, решавших судьбу профессора Вентцель. Несмотря на это весной 1968 года Е. С. Вентцель тайным голосованием была переизбрана на очередной пятилетний срок. Из воспоминаний И. Б. Гутчина: «Говорят, что когда подсчитали голоса Ученого Совета, то оказалось, что 50 голосов было „за” Вентцель и только один — „против”»39. На следующий день после конкурса Елена Сергеевна подала заявление об увольнении и по приглашению известных математиков Ф. И. Карпелевича (1927 — 2000) и Л. Е. Садовского (1916 — 1988) перешла на кафедру вычислительной математики Московского института инженеров транспорта.
В этом же году Елене Сергеевне пришлось пережить еще один болезненный удар. Вместе с Александром Галичем она написала пьесу «Будни и праздники» по мотивам повести «За проходной». Пьесу поставил МХАТ, и спектакль шел с большим успехом. Однако через полгода пьесу запретили. На этот раз партийное руководство было недовольно некоторыми песнями Галича. Позднее Е. С. Вентцель писала: «И мне жаль этот убитый спектакль, как живого человека»40.
Впоследствии Галича исключили из ССП. Будучи сама в опале, Елена Сергеевна пыталась ходатайствовать за Галича перед секретарем Союза писателей генералом КГБ Ильиным. В конце концов А. Галича выслали из СССР. А. А. Раскина так описывает эти события: «Когда Галич уезжал, Е. С. воспринимала это очень тяжело. Пошла прощаться к ним домой и, вернувшись, упала в обморок: мы с Сашей еле успели ее подхватить. <…>
На прощание она подарила ему свой крестильный крестик. Галич уезжал с этим крестиком на груди. Таможенники не пропускали его, потому что он был серебряный. Но Галич заявил, что его этим крестиком крестили и он без него никуда не поедет. Блефовал, конечно, но сработало: пропустили. Уж очень власти хотели от него поскорее избавиться». На вечере памяти Александра Галича в 1987 году Елена Сергеевна говорила, что «с этим крестиком его и похоронили»41.
Она не участвовала непосредственно в диссидентском движении, но когда ее любимый ученик Миша Файнберг на много месяцев лишился работы, подав заявление на выезд из СССР, Елена Сергеевна немедленно оформила его своим секретарем по линии Союза писателей. Тем самым уберегла его от модного в те времена обвинения в тунеядстве.
Когда началась травля Солженицына, Е. С. от себя лично послала письмо протеста в правление Союза писателей против исключения Солженицына из ССП.
В архиве КГБ за 1987 — 1988 годы была обнаружена следующая запись: «По указанию КГБ СССР подготовлены и доложены справки в отношении И. Грековой, Т. Толстой, Э. Кардина, В. Кондратьева, И. Дедкова, А. Стреляного»42.