С прибытием сотрудников ОГПУ начались загадки — с изменением положения тела, с оружием, из которого был убит поэт. По одним данным, он лежал головой к двери. Так значится в протоколе осмотра места происшествия, об этом рассказывала соседка Р. Я. Гуревич: «Помню, что в маленькой прихожей толпились люди. Прислонившись к косяку двери, ведшей в комнату Маяковского, стояла Полонская. Она, волнуясь, сбивчиво рассказывала о случившемся. Отчетливо помню: одна нога Полонской — в прихожей, другая — в комнате. И почти у самой ее ноги — лицо Маяковского, как бы припавшего к паркетным половицам. Голова повернута вбок. Всем телом он будто навалился на старенький, потертый коврик. У тахты валялся пистолет»[65]. Н. Асеев, оказавшийся в Лубянском переулке тоже спустя какое-то время после выстрела, вспоминал: «Он лежал, упав носками к письменному столу,головой к двери»[66]. Другие очевидцы вспоминают, к примеру художник Денисовский, что лежал головой к окну.
Если труп лежал на тахте, свесив правые руку и ногу (как указывали Левина и Денисовский), то гильза никак не могла находиться на расстоянии метра с левой стороны, как указано в протоколе: слева расположена спинка тахты. Из протокола осмотра места происшествия: «Промежду ног трупа лежит револьвер системы „маузер”, <…> ни одного патрона в револьвере не оказалось. С левой стороны трупа на расстоянии одного метра на полу лежит пустая стреляная гильза от револьвера маузер указанного калибра». Гуревич, как сказано выше, видела пистолет «у тахты», Денисовский — «на полу», но не между ног: «Он лежал головой к окну, ногами к двери, с открытыми глазами, с маленькой открывшейся точкой на светлой рубашке около сердца. Его левая нога была на тахте, правая слегка спустилась, а корпус тела и голова были на полу. На полу был браунинг»[67]. Получается, что тело наполовину сползло на пол. Скорее всего, сначала полуспущенное с тахты тело положили на пол, потом его переворачивали или при осмотре места происшествия (вспомним ссылку в протоколе на отсутствие выходного отверстия в спине), или когда что-то под ним искали. К примеру, гильзу. Видимо, протокол осмотра места происшествия составлялся после того, как тело передвигали. В. Скорятин видел в этом преднамеренное сокрытие каких-то улик.