Сложнее оказалась ситуация с его собственной программой журнала. Заявленный Залыгиным на первой же его летучке тезис: «Мы не занимаемся частностями, мы обязаны сосредоточиваться на основном», как и другая его установка: «Мы должны ориентироваться на материалы, которые будут интересны и через десять, и через двадцать лет», — особых возражений в редакции не вызывали. Но в обществе и литературе шла азартная работа по демонтажу советской идеологии. И от «Нового мира» ждали как раз этого — самой последней, самой острой, самой, как сказали бы сегодня, «крутой» правды о прошедшем и нынешнем. Новомирская публицистика конца восьмидесятых, публикации Платонова, Оруэлла, Шаламова и других как будто отвечали этим ожиданиям. Однако в публикациях «Нового мира» очень быстро появилось нечто, смущавшее перестроечного читателя. А иногда и вызывавшее внутриредакционные дискуссии.
К разоблачительному пафосу как фирменному знаку перестроечной прессы Залыгин относился с настороженностью. Он относил его к проявлениям новейшей конъюнктуры. Опубликовав главы из «Архипелага», «Чернобыльские тетради», «Стройбат» Сергея Каледина и «Одлян» Леонида Габышева, он считал, что значимость этих публикаций несоизмерима с газетно-журнальным клокотанием. И когда его редакторы предлагали очередную разоблачительную статью, в качестве главного аргумента за публикацию которой звучало что-нибудь вроде: «Наш журнал обязан быть первым и здесь. Мы первыми открываем все темы. Это наша задача», — то в ответ обычно слышали: «Мы здесь не стометровку бегаем. Мы журнал консервативный в том смысле, что отстаиваем прежде всего культуру». Или: «Этим занимается „Огонек”. Зачем нам повторять их, у нас свои задачи».
«Мне уже надоело читать про то, что там неправильно сделали Молотов со Сталиным. Там неправильно и там неправильно, — говорил, например, он по поводу одной из отклоненных статей. — Ведь абсолютные, вредные глупости делали. Что же они, совсем дураками были? Да нет, наверно. Не в них дело. Они проводили преступную концепцию. Преступность их действий была преступностью самой концепции. Вот если бы автор говорил здесь о концепции, а не о личностях. Так ведь нет здесь этого...»
