Далее жизнь шла как бы по накатанной колее. Инженер-гидролог на Иртыше, на Оби, работа в экспедициях, защита диссертации, заведование кафедрой. Писать начал рано. В основном очерки («К художественной литературе я тогда относился как к несерьезному делу»), но литература постепенно затягивала, начинают выходить первые книги, к концу сороковых годов Залыгин перебирается в Новосибирск и сочетает работу в академическом институте с занятиями литературой. С конца пятидесятых у него образуются прочные связи с сибирским Академгородком, который был тогда своеобразным государством в государстве со своим общественным и культурным микроклиматом. И судя по всему, Залыгин охотно пользовался полуразрешенными для ученых вольностями, читал и сам давал читать вещи, запрещенные тогда в СССР, не слишком сдерживал себя в выступлениях и в личных беседах. Естественно, атмосфера вокруг него постепенно сгущалась. Доносы на Залыгина в соответствующие органы поступали исправно. Взаимоотношения с местным идеологическим начальством у Залыгина были весьма напряженными.
Из рассказов Залыгина:
«Когда Твардовский приехал в Новосибирск, я отправился встречать его в аэропорт и столкнулся там с нашим обкомовским секретарем, который кого-то из высокопоставленных встречал.
И тот спрашивает:
— Чего ты тут?
— Твардовского встречаю.
— А... Ну вот скажи, „На Иртыше” ведь для них ты писал. Кто тебя всему этому учил — как писать, про что писать?
— Никто. Я сам.
— Так вот и сам! И что, Твардовский не звонил?
— Нет, не звонил.
— И так ничего тебе не объяснял, не растолковывал?
— Нет.
— Вот видите, — говорит секретарь, обращаясь к своей свите, — своих не выдает! А вы бы меня за пять минут заложили».
В конце шестидесятых Залыгин, оказавшийся в Москве, был неожиданно приглашен к себе тогдашним руководителем Союза писателей Георгием Марковым. Отношения у них были дружелюбными, так сказать, «земляческими».
«Марков сказал мне тогда:
— Значит, так, мужик. Вот тут у меня в шкафу столько лежит документов на тебя, что не реагировать я уже не могу. В Новосибирск тебе возвращаться нельзя. Там я тебе уже не смогу помочь. Съедят тебя дома. Сворачивай все свои дела и беги.
— Куда?
— Возьми путевку в Переделкино. Живи там. Через три года дадим тебе квартиру в Москве. Как бездомному писателю.
Так и сделал. Уволился тихо с работы. Взял путевку и уехал. А семья там на время осталась.
Потом мне говорили обкомовские: эх, быстро ты уехал, не успели додавить.
— А может, не очень и хотели, Сергей Павлович?
