Есть и другие причины возникшей в Узбекистане конфликтной ситуации, связанные со спецификой экономического и политического развития страны. В начале 90-х годов узбекские власти поощряли развитие исламской культурной традиции: открывались новые мечети, в Намангане и Андижане фактически всем руководила религиозная община, мусульманская молодежь имела возможность получать религиозное образование в исламских центрах арабских стран, Пакистана, Ирана. Однако ислам в Узбекистане стал быстро политизироваться — но не столько под воздействием агитации мусульманских пропагандистов, сколько вследствие неспособности светской власти обеспечить сносное и безопасное проживание ее гражданам. Гражданская война в Таджикистане, попытка в Узбекистане сформировать религиозную оппозицию, студенческие выступления в январе 1992 года напугали власти, которые начали гонения активистов запрещенных партий и движений, отнесенных к разряду “религиозно-экстремистских”, — Исламской партии возрождения, “Адолат” (“Справедливость”), “Товба”. Заодно репрессиям подверглись и вполне светские политические объединения — “Эрк”, “Бирлык” и другие, лидеры и активисты которых попали в “черные списки”, а затем очутились либо в тюрьмах, либо в эмиграции.
Но вместе с действительно имевшими место проявлениями экстремизма и фанатизма узбекские власти безжалостно подавили и своих потенциальных политических соперников, и ростки исламского возрожденческого движения, причем не только в своей стране, но и в соседнем Таджикистане. Таким образом, в Узбекистане, так же как это произошло ранее в Таджикистане, реализовался одинаковый сценарий: светские оппозиционные движения, стоявшие на умеренной политической платформе или же занимавшиеся культурно-просвещенческой деятельностью, были запрещены и разгромлены. Репрессии властей вынудили оставшихся на свободе (и в живых) оппозиционеров либо покинуть свои страны, либо уйти в подполье, либо примкнуть к антиправительственным силам. На поверхность вышли экстремистские организации (наподобие Исламского движения Узбекистана) — апологеты насилия, связанные с такими структурами, которые способны были оказать помощь в приобретении оружия, организации лагерей подготовки боевиков и проч.
