Новый, 1939 год принес семье немало тревог. Вильяма Генриховича без объяснения причин уволили со службы. Это было сильнейшим ударом, от которого он долго не мог оправиться. Нужно было браться за какую-то работу, чтобы содержать семью. Однако найти занятие, которое устраивало бы Вильяма, оказалось непросто. Наконец ему удалось устроиться во Всесоюзную торговую палату в качестве техника по реализации патентов. Затем он перешел на завод Наркомата авиапромышленности. На заводе он проработал до начала Великой Отечественной войны.
В сентябре 1941 года Фишеру предложили вернуться на службу в органы госбезопасности. Как вспоминал Вильям Генрихович, на него не оказывалось никакого давления, беседа была корректной и обстоятельной. Ему предложили подумать и потом дать ответ. Несмотря на душевную травму, которая была нанесена увольнением, а значит, и недоверием, для Фишера ответ был ясен. Шла война, и он дал согласие.
Вскоре приказом НКВД СССР Вильяма зачислили старшим оперативным уполномоченным вновь созданного в связи с военным положением подразделения, занимавшегося организацией боевых разведывательно-диверсионных групп и партизанских отрядов на оккупированной врагом советской территории. Занимался он подготовкой радистов и выполнял другие обязанности, связанные с заброской в тыл врага наших людей. Работа была нелегкой, требовавшей не только четкости и аккуратности, но и большого физического напряжения. Работали сутками. Приходилось выезжать и в прифронтовые зоны для выполнения заданий руководства. Одна из таких поездок была связана с оперативной игрой «Березино». Она была начата в августе 1944 года и завершилась в дни капитуляции гитлеровского рейха. Суть ее состояла в легендировании нахождения на территории СССР крупной воинской части Германии. Радиоигра, в которой участвовал Фишер, помогла «выловить» 22 германских разведчика, посланных на помощь «окруженным», большое количество вооружения и радиооборудования.
Семья его была эвакуирована в Куйбышев, а он сам, когда не находился в разъездах, обитал в коммунальной квартирке в Москве в Троицком переулке.
День Победы Вильям Генрихович встретил в Москве в кругу семьи и друзей.
За выполнение заданий, связанных с обеспечением государственной безопасности Родины в годы Великой Отечественной войны, Фишер был награжден орденом Красной Звезды и медалями: «Партизану Отечественной войны» 1-й степени, «За победу над Германией», «За оборону Москвы».
Послевоенная служба Вильяма Генриховича вновь оказалась связанной с внешней разведкой. Он был заместителем начальника отделения в подразделении, которое занималось ведением разведки по странам Запада.
Как уже упоминалось ранее, Фишер добровольно выразил желание выехать за границу в качестве нелегала.
В США Фишер обосновался в Нью-Йорке под именем американца Гольдфуса, свободного художника. В 1950 году он открыл ателье по изготовлению увеличенных репродукций с цветных диапозитивов, туда же переехал на жительство. Позже Вильям Генрихович нашел другое помещение, открыл художественное ателье по производству цветных фотографий и для занятий живописью.
Прикрытие оказалось удачным. Он быстро и уверенно вошел в местную среду, окружение его приняло как добропорядочного американца. Нелегал вел образ жизни одинокого пожилого человека, достаточно эрудированного, обладающего многими талантами. Знакомые относились к нему с уважением.
Одновременно он отлаживал каналы связи с Центром и контакты с источниками. Помимо прикрытия, отнимавшего немало времени, нужно было проводить встречи, получать и обрабатывать информацию, отправлять ее в Центр, изучать и подбирать места для встреч, отрабатывать проверочные маршруты.
За успешную работу в августе 1949 года Фишер был награжден орденом Красного Знамени.
В конце 1952 года в помощь разведчику был направлен Хэйханен, кадровый сотрудник КГБ, выступавший под видом американца финского происхождения. Центр решил разгрузить Фишера от ряда трудоемких технических обязанностей, сосредоточив его внимание на работе с источниками и добывании разведывательной информации. В задачу Хэйханена входило главным образом обеспечение двусторонней радиосвязи с Центром.
Вильям Генрихович был доволен приездом Хэйханена. Помогал ему в легализации, создании прикрытия, освоении обстановки и включении в работу. Как кадровому работнику, резидент полностью доверял ему, но старался не выходить за рамки дозволенного. Хэйха-нену было известно, что резидент — полковник, живет в Нью-Йорке под видом американца, занимающегося живописью и цветной фотографией. Ни легализационных данных, ни настоящего имени, ни адреса новый работник не знал.