Рабочие-железнодорожники, солдатские комитеты, узнав об аресте шести депутатов Совета от большевиков, потребовали от Дутова их немедленного освобождения. Атаман ответил отказом. Подпольный комитет большевиков, обсудив создавшееся положение, принял решение призвать рабочих города к всеобщей политической стачке протеста. Первыми забастовали рабочие железнодорожных мастерских и депо. Их поддержали механический и кожевенный заводы, другие предприятия. Председателем центрального стачечного комитета (ЦСК) стал рабочий И. И. Андреев. Оренбургский Совет и ЦСК выпустили воззвание «Почему мы бастуем?», в котором говорилось: «Мы требуем освобождения арестованных товарищей. Призываем всех рабочих города присоединиться немедленно к забастовке». Вскоре она стала всеобщей. Остановка движения на железной дороге в значительной степени связала руки контрреволюционным силам.
Уговоры меньшевиков и правых эсеров, прямые угрозы Дутова — ничто не могло сломить упорства рабочих города. Стачка продолжалась более двух месяцев и окончилась в день вступления советских войск в Оренбург.
Мятеж Дутова отрезал Среднюю Азию от центра. Находившийся в Петрограде П. А. Кобозев был назначен чрезвычайным комиссаром по разгрому этого мятежа. Он нелегально прибыл в Оренбург, 12 ноября провел совещание с руководителями большевистской организации города и в ту же ночь выехал в Бузулук, где начал формировать красногвардейские отряды для вооруженного разгрома Дутова.
14 ноября в здании Караван-Сарая состоялось заседание Совета рабочих и солдатских депутатов совместно с представителями ротных комитетов, на котором был избран военно-революционный комитет (ВРК) во главе с С. М. Цвиллингом.
Дутову стало известно об этом, и он принял меры для его разгрома. Казаки и юнкера окружили Караван-Сарай, арестовали участников заседания. Руководителей большевистской организации Совета посадили в тюрьму, часть их направили в казачьи станицы, чтобы устроить самосуд. Дутовцы объявили о демобилизации солдат гарнизона под предлогом нехватки продовольствия и начали формировать отряды из молодежи, верной атаману. Местная буржуазия выделила Дутову 2,5 миллиона рублей. В Оренбург стали стягиваться казачьи части из других мест.
Вновь созданный подпольный комитет РСДРП (б) через Центральный стачечный комитет, представлявший более семи тысяч человек, организовал рабочих города на борьбу с дутовщиной. Была налажена постоянная связь с С. М. Цвиллингом и другими арестованными членами Совета. Проходившие в это время выборы в Учредительное собрание показали, что большевики в городе пользуются поддержкой трудящихся. Они получили 37 процентов голосов избирателей, меньшевики — шесть, эсеры — восемь. Из рабочих-железнодорожников начал формироваться подпольный отряд Красной гвардии во главе с А. Е. Левашовым. Красногвардейцы помогли бежать из тюрьмы 32 большевикам. С. М. Цвиллинга и А. А. Коростелева отправили в Бузулук, а остальных укрыли в домах рабочих на окраинах города.
Но местных сил для разгрома дутовского мятежа явно не хватало. Необходима была помощь Центра. 25 ноября Совет народных комиссаров принял обращение «Ко всему населению» о борьбе с мятежами Каледина и Дутова. В тот же день он принял обращение к трудовым казакам, в котором призывал их выступить против Каледина и Дутова.
26 ноября делегацию оренбургских железнодорожников принял В. И. Ленин. Он интересовался положением в Оренбурге и губернии, военными силами Дутова. В штаб ВРК он написал записку:
«В штаб (Подвойскому или Антонову)
Податели — товарищи железнодорожники из Оренбурга.
Требуется экстренная военная помощь против Дутова. Прошу обсудить и решить практически поскорее. А мне черкнуть, как решите.
Ленин».
Советское правительство направило из Петрограда против Дутова северный летучий отряд из моряков и солдат, а также обратилось к Советам городов Поволжья, Урала, Средней Азии и Сибири с просьбой направить отряды Красной гвардии для разгрома дутовщины.
Первая попытка П. А. Кобозева взять Оренбург окончилась неудачей. Отряд красногвардейцев, дойдя до станции Платовка, вынужден был отступить назад в Бузулук Вскоре туда подошли моряки во главе с С. Д. Павловым, отряды из Уфы, Перми, Самары и других городов Поволжья и Урала. В Актюбинске сосредоточивались красногвардейцы из городов Средней Азии.
7 января 1918 года после тщательной подготовки войска под командованием С. Д. Павлова начали наступление против дутовцев из Бузулука, двинулись вперед и красногвардейцы со стороны Актюбинска. В Оренбурге отряд А. Е. Левашова вступил на территорию вокзала. Это было в ночь на 18 января, а утром Дутов скрылся из города. В Оренбург вступили отряды С. Д. Павлова и П. А. Кобозева. Над Караван-Сараем взвился красный флаг.
