Оба бунта были подавлены с разными затратами энергии и времени, с разным количеством жертв. С этих пор Алексей Михайлович резко изменился. По-прежнему внешне спокойный, добродушный, мягкий, он стал чрезвычайно осторожным, недоверчивым. До мании преследования дело не дошло, но царь был близок к этому. Он окружил царский дворец решеткой, у которой постоянно дежурили вооруженные до зубов воины, назначил специальных чиновников, принимавших жалобы и челобитные от народа. Никто не смел приблизиться не только к самому царю, но даже к решетке вокруг его дворца.
И это непонятно. В летописях и в работах таких историков как Н. И. Костомаров, С. Ф. Платонов и так далее, в трудах современников тех событий Григория Котяшихина, иностранца Яна Стрейса и так далее ничего не говорится о том, что лично царю грозила опасность физической расправы, что готовились и были раскрыты заговоры лично против царя. Вполне возможно, что заинтересованные по каким-либо причинам лица умалчивали об этом. Но из дошедших до наших дней источников ясно совершенно другое: народ доверял царю, обвиняя во всех бедах ближайшее окружение русского монарха.
Конечно же, как человек добрый и внимательный, он обязан был сделать все зависящее для абсолютной безопасности своего ближайшего окружения, но принимаемые им меры говорят о большой озабоченности царя своей личной персоной. Он волновался. Он боялся. Особенно выезжая из Кремля.
Однажды, по свидетельству иностранца, Тишайший царь с перепугу убил человека! Алексей Михайлович сидел в крытой богатой царской повозке. К ней протиснулся неосторожный проситель, попытался передать из рук в руки жалобу царю на какого-то чиновника. Монарх услышал, что кто-то тихонько скребется к нему, испугался, ткнул острым жезлом туда, откуда доносился шорох, и бедный проситель упал замертво. Нехладнокровный, нечаянный убийца долго переживал, страдал, жалел невинно убиенного.
А затем он издал указ об основании нового учреждения в стране, Приказа тайных дел, то есть тайной полиции. За несколько лет до этого в одной из статей «Соборного Уложения 1648-1649 годов» узаконилось «страшное государево слово и дело». Любой человек, случайный или неслучайный «хранитель» какого-либо важного государственного секрета мог, даже с лобного места крикнуть «имею государево слово и дело», и его обязаны были выслушать.