На Ausf.E была применена полностью новая ходовая часть, включавшая в себя шесть сдвоенных обрезиненных опорных катков на борт и торсионную подвеску. В подвесках первого и шестого опорных катков были установлены амортизаторы. Изменились поддерживающие катки и ленивец. Был установлен двигатель Maybach HL 120TR мощностью 300 л.с. и десятискоростная коробка передач Variorex SRG 328–145.
Курсовой пулемет размещался в новой шаровой установке Kugelblende 30 (число «30» в обозначении соответствует толщине брони). Механик-водитель получил комбинированный (смотровая щель с триплексом и перископ) прибор наблюдения Fahrersehklappe 30. Крышки бортовых башенных люков стали двухстворчатыми. В нижних бортовых листах корпуса между верхней ветвью гусениц и опорными катками появились эвакуационные люки. Несколько видоизменились люки моторного отделения. Остальные узлы и агрегаты танка, включая вооружение, изменений не претерпели. В 1940–1941 году часть машин модификации Е была перевооружена 50-мм пушками KwK 38.
В ходе войны некоторое количество Pz.III Ausf.E переоборудовали в машины передовых артиллерийских наблюдателей и БРЭМ.
Незначительно модернизированный вариант Ausf.E. Обе машины практически идентичны по внешнему виду. Танки варианта F поздних выпусков имели защиту башенного погона от пуль и осколков, предохранявшую от заклинивания, дополнительные приборы наружного освещения и новую командирскую башенку.
С октября 1939 по июль 1940 года заводские цеха покинуло 435 танков Auaf.F. Выпуск такой большой серии боевых машин в такие сроки был уже не под силу фирме Daimler-Benz. Поэтому к производству подключились фирмы FAMO, MAN, Alkett и Henschel.
В июне 1940 года были выпущены первые 10 танков вооруженные 50-мм пушкой KwK 38 с длиной ствола 42 калибра. Установка новой пушки потребовала переделки лобовой части башни. На танках с 37-мм орудием маска располагалась как бы внутри башни, а на машинах с 50-мм пушкой — снаружи. Количество спаренных пулеметов сократилось до одного.
Производство танков Ausf.G началось в апреле-мае 1940 года и продолжалось до февраля 1941-го. За это время было выпущено около 600 машин.
В конструкцию танка внесли много мелких изменений. Толщину брони кормы корпуса увеличили с 21 до 30 мм. На крыше башни появился электрический вентилятор закрытый броневой крышкой и лючок для стрельбы из ракетницы. На корме башни начали крепить ящик для снаряжения, получивший прозвище «ящик Роммеля» — они впервые появились на танках Африканского корпуса. Танки поздних выпусков получили новые командирские башенки с пятью смотровыми приборами, унифицированные с башенками танков Pz.IV. Ширину гусениц на них довели до 400 мм, установили новые ведущие и направляющие колеса.
Кроме нового орудия, на этой машине установлено дополнительное бронирование лобового листа корпуса.
Некоторое количество боевых машин модификации G изготовили в тропическом варианте Ausf.G (trop), установив на них усиленные систему охлаждения и воздушные фильтры.
