В конце февраля 1906 года проект поступил в Совет министров. Любопытно, что Витте советовал сопоставить этот текст с конституциями Пруссии, Австрии, Японии, чтобы заимствовать оттуда «полезные консервативные элементы». И действительно, проект канцелярии, обсуждавшийся в марте, подвергся столь существенным изменениям, что можно говорить о рождении фактически второго проекта законов — министерского. Он носил сугубо «ограничительный» характер, ставил под сомнение целесообразность включения главы «О правах подданных» и отвергал какое-либо «расширение» прав подданных. В специально подготовленной и подписанной членами Совета министров мемории на имя Николая II предлагалось: «…в видах ближайшего согласования правил об основных правах и обязанностях российских подданных с современными условиями жизни нашего государства исключить из подлежащей главы некоторые не отвечающие этой цели статьи и восполнить оную особою статьею, подтверждающей свободу совести на основании указа Вашего Величества от 17 апреля 1905 г. об укреплении веротерпимости».
20 марта 1906 года С. Ю. Витте представил царю измененный Советом министров проект Основных законов вместе с меморией министров. Сам председатель Совета министров при этом предложил основную статью о религиозной свободе в следующей редакции: «Российские подданные пользуются свободою вероисповедания по велениям своей совести. Условия перехода из одного вероисповедания и вероучения в другое определяются законом».
На 7 апреля Николай II назначил третье секретное совещание в Царском Селе для обсуждения обоих проектов. Оно продолжалось несколько дней. Приглашены были великие князья, министры, несколько членов Государственного совета и другие высшие чиновники. Ряд участников предыдущих совещаний, продемонстрировавших свою либеральную позицию, приглашены не были.
Среди участников совещания проявились две позиции. Одна, ее излагал И. Л. Горемыкин, заключалась в отрицании необходимости включения в Основные закона главы о правах подданных. Сторонники другой, например Д. М. Сольский, С. Ю. Витте, отстаивали включение, хотя и с различной мотивировкой, данной главы. Однако полноценного обсуждения содержания второй главы не было. Большинство присутствовавших даже и не помышляло о «возвращении» изъятых Советом министров статей «о правах». Не подлежала обсуждению и глава Основных законов Российской империи «О вере».
Накануне открытия заседаний Первой Государственной думы Николаю II был представлен окончательный вариант, исполненный по его поручению небольшой группой лиц из ближайшего окружения. Он был утвержден императором 23 апреля, за четыре дня до открытия заседаний Думы. Без изменений, лишь с незначительными редакционными поправками осталась глава «О вере», определявшая взаимоотношения государства и православной церкви и обеспечившая ее особое положение и привилегии. В главе же «О правах и обязанностях российских подданных» сохранилась лишь одна статья (81-я), касавшаяся вопросов веры и гласившая: «Российские подданные пользуются свободою веры. Условия пользования этою свободою определяются законом». Однако статья эта без четко и конкретно разработанного законодательства обречена была оставаться всего-навсего декларацией, отнюдь не гарантирующей прав граждан в выборе религии. Разработка законопроектов по конкретным направлениям религиозного законодательства была возложена на Министерство внутренних дел.
Как видим, государство даже в условиях революции продолжало ориентироваться на сохранение особых отношений с Российской православной церковью и стремилось опереться на нее в период политической нестабильности. Не предполагалось вводить какие-либо принципиальные изменения ни в вероисповедную политику в целом, ни в положение всех других религиозных объединений.
