Осознала власть и необходимость создания специального органа в системе государственного управления, который взял бы на себя координацию действий в центре и на местах по реализации норм и положений декрета. Первоначально эти обязанности были возложены на образованную в апреле 1918 года межведомственную комиссию при Наркомюсте. В ее состав вошли представители комиссариатов внутренних дел, просвещения, призрения, а также от православной, старообрядческой, римско-католической, греко-католической и других церквей.
Несколько позже, 8 мая 1918 года, по поручению Совнаркома Наркомюст образовал специальный отдел (порядковый номер среди отделов — VIII) по проведению декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви в жизнь во главе с П. А. Красиковым. За ним закрепилось и иное наименование — «ликвидационный отдел». Подразумевалась, конечно, не «ликвидация религий и церквей», а тех правоотношений между церковными сообществами и государством — «традиционных» для клерикального государства, что существовали на протяжении столетий в царской России.
Отдел должен был в своей работе опираться на комиссию, состоящую из представителей заинтересованных государственных ведомств и религиозных организаций и имеющую характер консультативного органа. 14 мая состоялось первое заседание VIII отдела, на котором обсуждался план ближайшей его деятельности. Ведший его В. Д. Бонч-Бруевич отмечал, что деятельность отдела затрагивает «интимные интересы миллионов граждан Российской Федеративной Советской Республики, причем, несмотря на наблюдаемое ослабление влияния религии на население, оно продолжает относиться с болезненной восприимчивостью ко всяким незаконным посягательствам на свободу религиозных убеждений и отправление религиозного культа».
А потому перед отделом была поставлена задача руководить «деятельностью мест и властей Российской Федеративной Советской Республики, направленной к установлению новых, созданных Октябрьским переворотом, отношений между государством и исповеданиями на обеспечиваемых декретом Совета Народных Комиссаров началах свободы совести и отправления религиозных обрядов»[52].
Отныне все вопросы, касавшиеся взаимоотношения государства с Российской православной церковью, а также и другими религиозными объединениями и требующие решения правительства, предварительно обсуждались в этом отделе. Разъяснения и указания отдела вплоть до сентября 1918 года были единственными правовыми документами, регламентировавшими порядок разрешения практических вопросов, связанных с отделением церкви от государства. На отдел же возлагалась задача по борьбе с нарушениями законодательства о культах со стороны как духовенства и церковных организаций, так и местных органов власти[53].
2 июля 1918 года начала работу третья сессия Собора. Собралось всего 150 человек, из них лишь 16 епископов. Поскольку к этому времени здание Московской духовной семинарии было национализировано и там проживали делегаты V Всероссийского съезда Советов, то участников Собора разместили при московских церквях и монастырях. Соборные заседания проводились либо в Епархиальном доме, либо на Троицком подворье, где располагались патриарх и органы высшего церковного управления.
На Соборе продолжилась работа по выработке определений о деятельности высших органов церковного управления. Рассмотрен был вопрос о Местоблюстителе Патриаршего престола. Его избрание в случае «освобождения патриаршего престола» предполагалось в соединенном заседании Священного синода и Высшего церковного совета. Местоблюститель возглавляет церковь в период междупатриаршества и главная его обязанность состоит в проведении в трехмесячный срок Поместного собора для избрания патриарха. В специальном определении от 13 августа 1918 года устанавливался порядок избрания патриарха. В общих чертах он соответствовал процедуре избрания патриарха Тихона.
Некоторые определения Собора касались вопросов организационно-административного порядка и устройства церкви, финансово-хозяйственной деятельности. Среди них: о временном Высшем церковном управлении на Украине, об устройстве Варшавской епархии, о церковных округах, об учреждении новых епархий и викариатств, о монастырях и монашествующих, о привлечении женщин к церковному служению, о прославлении местных святых и восстановлении празднования Дня памяти Всех Святых Российских, о церковных сборах, имуществе, хозяйстве и т. д.
В то время как на соборных заседаниях обсуждались и принимались решения о внутреннем устройстве церкви, за стенами Епархиального дома в Лиховом переулке шел процесс государственного обустройства новой страны — Российской Советской Федеративной Социалистической Республики.
