В это время усилилось шейхство Сефевие со столицей в Ардебиле. Оно носило название в честь шейха Сефи ад-дина (1254–1334 гг.), возглавлявшего в Ардебиле суфийско-дервишский орден Сефевийа. Тогдашний шейх Хайдар значительно расширил владения Сефевидов, а его отряды гази (бойцов за веру) получили военную организацию. Вместо туркменской шапки Хайдар приказал своим мюридам носить чалму с 12 красными полосками в честь 12 шиитских имамов. С этих пор его мюриды получили название кызылбашей, то есть красноголовых.
В 1488 году Хайдар отправился в поход против ширваншаха Фаррух-Йасара и разгромил Шемаху. Однако на помощь ширванцам прибыл падишах Ак-Коюнлу Йакуб со своей армией. В июле объединенные войска Ак-Коюнлу и ширванцев нанесли сокрушительное поражение кызылбашам. Шейх Хайдар в этом сражении погиб. Шейхом ордена Сефевийа стал его старший сын Султан Али.
Но падишах Йакуб занял Ардебиль и другие владения Сефевидов. В 1490 году Йакуб умер, отравленный по ошибке собственной матерью. После этого безутешная матушка отравилась сама. Престол Ак-Коюнлу унаследовал сын Йакуба, Байсонкур. Но тут же в Ираке эмир Байандур-бег провозгласил падишахом его дядю Месиха. В Хамадане эмир Шах-Али объявил повелителем внука Узун-Хасана, Махмуда. Другая группа эмиров выдвинула еще одного внука Длинного Хасана – Рустама, сына казненного Максуда.
В 1490–1491 годах правивший от имени Байсонкура эмир Суфи Халил разгромил всех альтернативных претендентов. Месих и Махмуд были убиты, а Рустам попал в плен и был заточен в крепость Алинджу. Но здесь против Суфи Халила организовал восстание военачальник Сулайман Бижан-оглу. В сражении 1491 года Суфи Халил был разбит и убит. Но на посту падишаха Бижан-оглу оставил Байсонкура.
Тогда против Бижан-оглу поднял восстание правнук Кара-Юлюка, Айба-султан. В 1492 году он освободил из заключения Рустама, и большинство эмиров приняло его сторону. Лишенный поддержки Бижан-оглу бежал в Дийарбакр и там погиб. Байсонкур скрылся в Ширване. В конце мая 1492 года Рустам взошел на престол в Тебризе, но власть сосредоточил в своих руках Айба-султан.
Рустам вернул Султану Али Ардебиль и другие владения, но вскоре стал опасаться роста его могущества и послал против кызылбашей войска. Перед сражением Султан Али объявил своим преемником семилетнего брата Исмаила и отослал его в Ардебиль. В битве с Ак-Коюнлу у села Шамаси в 1494 году кызылбаши потерпели поражение, а шейх Султан Али погиб. После битвы туркмены ворвались в Ардебиль и занялись ограблением жителей. Исмаил сначала прятался в мавзолее шейха Сефи ад-дина, а затем в соседнем доме одного из сефевидских мюридов. Через три дня его передали под присмотр надежной женщины, и тут он был укрыт около месяца.
Падишах Ак-Коюнлу Рустам отдал приказ найти и казнить всех сыновей шейха Хайдара. Воины обыскивали Ардебиль дом за домом и квартал за кварталом. Тогда жители спрятали маленького шейха в одном из склепов соборной мечети. Скоро стало известно, что около 80 кызылбашей скрываются недалеко от Ардебиля, и Исмаила переправили к ним. Уже под их охраной Исмаила отвезли в Лахиджан, где было относительно безопасно.
В 1497 году внук Узун-Хасана и сын Огурли-Мухаммада, Ахмад Говде, поднял восстание против падишаха Рустама. В состоявшемся сражении Рустам погиб, и в мае того же года Ахмад Говде занял тебризский престол. Новый государь Ак-Коюнлу казнил многих представителей знати за попытки мятежа, и попытался провести налоговую и земельную реформы.
Ответом стал мятеж в Ираке и Фарсе. Его возглавили Айбасултан и наместник Фарса Касим-бег. Войско падишаха сразилось с ними в окрестностях Исфахана в декабре 1497 года. Его войско было разгромлено и Ахмад Говде погиб.
Айба-султан провозгласил падишахом сына Йакуба, Мурада, но затем осерчал на него и посадил в крепость Равандуз. Вместо него Айба-султан объявил падишахом Алванда, сына Йусуфа и внука Узун-Хасана. Когда в 1498 году он приехал в Тебриз, группа эмиров поставила правителем его брата Мухаммад-мирзу. В последовавшей битве при Азиз-Кенде Алванд был разромлен, а Айба-султан убит.
В мае 1499 года Мухаммад-мирза сел на престол в Тебризе. Но сейчас же братья Айбы-султана освободили из заключения Мурада и стали собирать войско. Сражение между армиями претендентов произошло в конце 1499 года около Исфахана. Мухаммад-мирза потерпел поражение и погиб. В 1500 году Алванд и Мурад заключили мир и поделили между собой державу Ак-Коюнлу. Алванд правил северной половиной из Тебриза, а Мурад повелевал южной половиной из Исфахана.
