Командующий Северо-Западным фронтом генерал-майор П. П. Собенников был снят и назначен командующим 43-й армией Резервного фронта, и его место занял генерал-лейтенант П. А. Курочкин, отличившийся под Смоленском. 16 октября после прорыва немцами Можайской линии обороны под Москвой П. П. Собенников был отстранен от должности, а 6 февраля 1942 года осужден по ст. 1931—21 УК РСФСР и приговорен к пяти годам лишения свободы. Однако вместо заключения 7 февраля 1942 года он был помилован и восстановлен в кадрах РККА в звании полковника. В апреле 1943 года снова получил звание генерал-майора, командовал армиями и военными учебными заведениями.
За снятием с должности последовали расстрелы. Лично Мехлис составил приказ войскам фронта № 057 от 12 сентября 1941 года, в котором говорилось:
Приказ был составлен задним числом. Генерал-майор артиллерии B.C. Гончаров был расстрелян перед строем штабных работников 34-й армии на день раньше, 11 сентября 1941 г. в деревне Заборовье. В справке, подписанной заместителем начальника 1-го отделения особого отдела Северо-Западного фронта лейтенантом госбезопасности Канером, указано, что «по решению уполномоченных Государственного Комитета Обороны — заместителей Народного Комиссара обороны тт. Мехлиса и Мерецкова 11 сентября 1941 г. между 17—18 ч., в д. Заборовье, в присутствии наличного состава штаба 34 армии в числе 23 чел., расстрелян б (ывший) начальник артиллерии 34 армии генерал-майор артиллерии Гончаров Василий Сафронович».
Столь же трагично сложилась судьба командующего