При этом, несмотря ни на какое давление со стороны следователей, Пестель сам решал, когда и в чем сознаться, какую информацию предоставить. Так, в январе 1826 года, в самом начале следствия, он решил дать показания о судьбе «Русской Правды», и вскоре она была найдена и представлена комитету. Показательна и история с признанием Пестелем собственного участия в «цареубийственных планах». До апреля он отрицал это участие, отрицал его и на допросе в Следственной комиссии 1 апреля. Однако в ответах на полученные в тот же день письменные вопросы признал, что был сторонником цареубийства и с самого начала своего пребывания в заговоре обсуждал его возможность.
Правда, не пытаясь преуменьшить свою вину, Пестель не был склонен и к преуменьшению вины других — тех, кто, следуя «духу преобразований», состоял в одном с ним политическом заговоре. Он без тени сомнения называл все известные ему тайные организации — от возглавлявшегося им Южного общества до мифического общества Свободных Садовников. Именно от Пестеля следователи впервые узнали о существовании Общества соединенных славян. Совершенно бестрепетно называл полковник и известные ему имена членов всех этих обществ. Так, уже из первых его показаний следствие узнало 16 фамилий заговорщиков, «коих прежде в виду не было».
«Откровения» Пестеля стали роковыми для его давнего приятеля Михаила Лунина. В ответах на вопросы от 1 апреля полковник — опять же без всяких «улик» со стороны следствия — поведал о плане Лунина времен Союза спасения: с «партиею в масках совершить цареубийство на царскосельской дороге, когда время придет к действию приступить». 8 апреля он подтвердил свои показания. В результате Лунин был арестован в Варшаве и осужден впоследствии на 20 лет каторжных работ. Именно Пестель первым воспроизвел на следствии цареубийственные проекты Васильковской управы и лично Сергея Муравьева-Апостола.
Но при этом полковник сумел умолчать о главном — о своей деятельности в тульчинском штабе, о том, кто и каким образом должен был вести революционную армию на столицы. Пестель представил свой заговор исключительно как идеологическое движение — и таким он остался и на страницах его следственного дела, и в составленном по итогам следствия «Донесении Следственной комиссии», и в позднейших работах профессиональных историков.
Пестелю удалось спасти от смерти второго южного директора, Алексея Юшневского. Должность, которую Юшневский занимал до ареста, делала его фигурой, исключительной среди заговорщиков. Это, например, прекрасно понимало начальство 2-й армии. После ареста генерал-интенданта Витгенштейн постарался скрыть следы его деятельности. В начале января 1826 года ведомство генерал-интенданта спешно убрали из Тульчина и перевели в город Брацлав, подальше от штаба. При этом Витгенштейна не остановил даже тот факт, что еще в 1823 году Абакумов советовал убрать из Брацлава все подведомственные интендантству учреждения — поскольку за их безопасность ручаться было невозможно.
Но если бы была расследована подлинная роль генерал-интенданта в подготовке восстания, эта мера вряд ли помогла бы и Юшневскому, и самому Витгенштейну. Генерал-интендант вполне мог бы быть казнен, а главнокомандующий в лучшем случае лишился бы своей должности. Но под пером Пестеля Юшневский из ключевой фигуры превратился в одного из многих участников движения — причем далеко не самого активного. «Что же касается в особенности г-на Юшневского, то он все время своего бытия в Союзе в совершенном находился бездействии, ни единого члена сам не приобрел и ничего для общества никогда не сделал. Из всего поведения его видно было, что он сам не рад был, что в обществе находился», — показывал Пестель уже на первом допросе.
Из тех людей, кто, формально не входя в заговор, был непосредственно связан с революционной «практикой» Пестеля, наибольшая опасность угрожала, конечно, Киселеву. Естественно, что после разгрома «гнезда заговорщиков» в главной квартире 2-й армии у начальника штаба начались большие неприятности. В отношении Киселева началось особое тайное расследование. Начальник штаба не был арестован, но его привлекли к допросам.
И в принципе Киселев вполне мог быть осужден: генерал-майорский чин не гарантировал ему безопасности. Даже за «знание» об «умыслах» тайного общества и «недонесение» об этом полагались лишение чинов и дворянства и разжалование в солдаты. В распоряжении же следствия были, например, показания Василия Тизенгаузена, командира Полтавского полка: «Бестужев-Рюмин при Сергее Муравьеве мне говорил, что полковник Пестель объявил начальнику главного штаба второй армии господину генерал-адъютанту Киселеву о всех намерениях, связях и действиях тайного общества со всеми возможными подробностями; что сей генерал поблагодарил Пестеля за его доверенность и просил только быть поосторожнее».
