12 июня было обнародовано объявление духовенству, генералитету, сенаторам и министрам: «Понеже вы ныне уже довольно слышали о малослыханном в свете преступлении сына моего против нас, яко отца и государя своего, и хотя я довольно власти над оным по Божественным и гражданским правам имею… учинить за преступление по воле моей, без совета других; однакож боюсь Бога, дабы не погрешить; ибо натурально есть, что люди в своих делах меньше видят, нежели другие в них. Також и врачи: хотя б и всех искуснее который был, то не отважится свою болезнь сам лечить, но призывает других. Подобным образом и мы сию болезнь свою вручаем вам, прося лечения оной, боясь вечной смерти. Ежели б один сам оную лечил, иногда бы, не познав силы в своей болезни, а наипаче в том, что я, с клятвою суда Божия, письменно обещал оному своему сыну прощение и потом словесно подтвердил, ежели истинно скажет. Но хотя он сие и нарушил утайкою наиважнейших дел, и особливо замыслу своего бунтовного против нас, яко родителя и государя своего, но однакож, дабы не погрешить в том, и хотя его дело не духовного, но гражданского суда есть… однакож мы, желая всякого о сем известия и вспоминая слово Божие, где увещевает в таких делах вопрошать и чина священного о законе Божии… желаем и от вас, архиереев и всего духовного чина, яко учителей слова Божия, не издадите каковой о том декрет, но да взыщите и покажете о сем от Священного Писания нам истинное наставление и рассуждение, какого наказания сие богомерзкое и Авессаломову прикладу уподобляющееся намерение сына нашего по Божественным заповедям и прочим Священного Писания прикладам и по законам достойно… В чем мы на вас, яко по достоинству блюстителей Божественных заповедей и верных пастырей Христова стада и благожелательных Отечества, надеемся и судом Божиим и священством вашим заклинаем, да без всякого лицемерства и пристрастия в том поступите».
Неохотно приступили духовные власти к этому делу. Вот ведь сколько лет царь не спрашивал мнения духовенства о своих делах, а тут вдруг требует совета, и для чего — чтобы их устами осудить собственного сына!
Архиереи ответили уклончиво. 18 июня духовный суд представил царю Рассуждение с выписками из Ветхого и Нового Завета, гласившее об обязанности детей повиноваться родителям. Государь волен поступить как ему будет благоугодно. Захочет казнить сына — на то есть образцы и оправдание в Ветхом Завете. В 21-й главе Исхода и в 20-й Левита говорится: «Кто злословит отца своего или свою мать, того должно предать смерти». Второзаконие подтверждает это: «Если у кого будет сын буйный и непокорный, не повинующийся голосу отца своего и голосу матери своей, и они наказывали его, но он не слушает их, — то отец его и мать его пусть возьмут его и приведут к старейшинам города своего и к воротам своего местопребывания и скажут старейшинам города своего: «Сей сын наш буен и непокорен, не слушает слов наших, мот и пьяница»; тогда все жители города его пусть побьют его камнями до смерти». Так что дело это подлежит суду гражданскому, а не церковному. Ну а ежели государь благоволит помиловать свое чадо, то имеет образ самого Христа, который принял кающегося блудного сына и отпустил жену, по закону побиения камнями достойную; Он же сказал: «Милости хочу, а не жертвы». Впрочем, как говорит Священное Писание, «сердце царево в руце Божией есть; да изберет тую часть, амо же рука Божия того преклоняет». Духовные судьи не напомнили, однако, царю его обещаний помиловать сына и простить ему все.
Решением духовного суда Петр остался недоволен. Ловко выкрутились долгие бороды! Ста двадцати семи судьям гражданского Верховного суда — высшим сановникам государства — он напомнил: «Прошу вас, дабы истиною сие дело вершили, чему достойно, не флатируя (или не похлебуя) мне и не опасаясь того, что если сие дело легкого наказания достойно, и когда вы так учините осуждением, чтоб мне противно было, в чем вам клянуся самим Богом и судом Его, что в том отнюдь не опасайтеся, також и не рассуждайте того, что тот суд ваш надлежит вам учинить на моего, яко государя вашего, сына; но несмотря на лицо, сделайте правду и не погубите душ своих и моей, чтоб совести наши остались чисты в день страшного испытания и Отечество наше безбедно!»
Допрос Алексея происходил в зале Сената. Его оправдания были признаны неудовлетворительными. Гражданские судьи объявили царевичу, что хотя и опечалены его поведением, но обязаны исполнить свой долг и, невзирая на то что он сын их всемилостивейшего государя, допросить его «по принятой форме и с необходимым розыском». Алексей побледнел. Эти слова означали, что его будут пытать.