Федосей Скляев много внимания уделял судоподъему, в области которого он считался самым эрудированным отечественным специалистом. Постройка больших линейных кораблей в Санкт-Петербургском Адмиралтействе была сопряжена с известными трудностями из-за необходимости выводить их через мелководный бар дельты Невы в Финский залив. После спуска кораблей на воду их приходилось сразу же поднимать на своеобразные плавучие доки – камели и на них отбуксировывать галерами к Крон-шлоту. Там корабли получали рангоут и парусное вооружение, на их палубы устанавливали пушки и загружали всеми необходимыми предметами снабжения и припаеов. Руководил проводкой кораблей в Кроншлот Федосей Скляев, которому обычно помогал Пальчиков.
Скляев сконструировал несколько вариантов камелей, предназначавшихся для подъема судов различных классов и типов. Скляевские камели представляли собой два спаренных плоскодонных судна, каждое из которых имело выход для подводки его под корабль, подъема последнего и проводки через мелководье.
Особые хлопоты доставили Федосею Скляеву работы по проводке через бар первого построенного в Санкт-Петербургском Адмиралтействе „государева" корабля „Полтава". После того как этот корабль благополучно подняли на камели, оказалось, что его осадка уменьшилась недостаточно, чтобы свободно миновать бар. Тогда под судно дополнительно подвели особые лодки с наклоненным вперед носом, после чего „Полтава" благополучно прошла через бар.
Деятельность Федосея Скляева по судоподъему не ограничивалась только организацией проводки кораблей через бар. Он постоянно привлекался к руководству судоподъемными работами при оказании помощи потерпевшим аварию кораблям. Так, когда в Финском заливе на значительной глубине затонул корабль „Нарва", Петр поручил Скляеву выполнить спасательные работы. Тот привлек лишь отечественных водолазов, которые, не имея водолазного колокола, извлекли из-под воды не только все пушки „Нарвы", но достали и некоторые другие предметы оборудования корабля. Затем по указанию Скляева корпус затонувшего корабля подразделили на части, и каждую из них отдельно отбуксировали на мелководье. Там и сняли все узлы и детали, еще пригодные для использования на других строившихся судах.
По неизвестной причине, в 1719 г. на якорной стоянке неожиданно затонул другой „государев" корабль – „Лесное". Петра очень беспокоила эта авария, и он поручил все судоподъемные работы Скляеву. Он сразу же установил, что авария произошла вследствие столкновения корабля с собственным якорем, на который его нанесло: лапа якоря сделала пробоину и корабль затонул. С корабля выгрузили постоянный балласт и заделали подводную пробоину. Затем он был поднят,, отремонтирован и снова введен в строй Балтийского флота. В другой раз Скляеву довелось спасти корабль „Пернов", потерпевший серьезную аварию при следовании с Олонецкой верфи, где его строил Гаврила Меншиков.
Петр очень ценил деятельность Скляева по судоподъему, считая его и в этой области незаменимым специалистом. Он неоднократно направлял Скляева для руководства судоподъемными работами на Дон, в Воронеж и торопил с разработкой новой „машины,… чем суды возводят на порогах".
В ведении Скляева оказалось настолько обширное судоподъемное хозяйство, что для осмотра и ремонта камелей потребовалось оборудовать специальный эллинг, на который можно было бы их поднимать. По разработанному Скляевым чертежу машинный мастер Туволков оборудовал нужный эллинг на реке Фонтанке у Калинкина моста. Этот скляевский эллинг стал первым отечественным специализированным судоподъемным предприятием.
Федосей Скляев был первым хранителем чертежей и моделей „государевых" кораблей. По приказанию Петра еще в Воронеже при адмиралтейском дворе он оборудовал специальную модель-камору, которая позднее, в 1709 г. была перевезена в Санкт-Петербургское Адмиралтейство. Как указывалось, эта „камора" положила начало созданному позднее Морскому музею.
Как грамотный и опытный кораблестроитель он был также одним из наиболее сведущих отечественных специалистов судостроительного производства, которого Петр неоднократно привлекал для участия в создании новых верфей и иных предприятий. Весной 1705 г. Скляеву было поручено определить место в устье реки Тавровки, впадавшей в реку Воронеж, где наиболее целесообразно начать строительство Тавровского адмиралтейства.
Отправляя Скляева, Петр передал ему „Меру местным корабельным докам и сколько оных" следует построить. Скляев выбрал удобное место и стал руководить работами по постройке там одиннадцати доков с батопортами, в чем ему помогал „мастер разных художеств" Анисим Моляров. Одновременно там же Скляев начал строить новую пильную водяную мельницу (лесопильный завод) и донес Петру: „Доковое дело зачалось путно и место перед прежним дивное и от устья недалеко".
