Внимательно проанализировав сведения, сообщенные Салтыковым, Петр через три года снова решил отправить его за границу, на этот раз в еще более длительную командировку, приказав сдать заведование Олонецкой верфью другому кораблестроителю.
Таким образом, Федору Салтыкову довелось управлять Олонецкой верфью в течение восьми лет – с 1703 г. по 1711 г. За это время там было построено 2 корабля, 11 фрегатов, 9 шняв, 1 бомбардирский корабль, 4 буера, 4 транспорта, 60 галер и скампавей, 1 гальот, 1 пакетбот – всего 93 судна. Под руководством Федора Салтыкова Олонецкая верфь выполнила поставленное перед ней задание, создав первоначальное ядро Балтийского флота. В дальнейшем, по мере развития кораблестроения в Санкт-Петербургском Адмиралтействе, значение Олонецкой верфи стало падать.
В 1711 г. на Федора Салтыкова царь возложил еще более ответственную, да притом секретную, миссию. Втайне от Швеции и поддерживавшей ее Англии он должен был заказать на иностранных верфях или закупить у судовладельцев для России многопушечные корабли, а затем обеспечить их безопасный переход в отечественные порты. От Салтыкова требовалось, чтобы он как опытный кораблестроитель сумел приобрести только добротные корабли, притом за минимальную цену. Ему необходимы были также и дипломатические способности для выполнения этого деликатного поручения.
Миссия Салтыкова была действительно весьма трудной: не только Швеция и Англия, но и некоторые другие страны вовсе не были заинтересованы в усилении военной и морской мощи России. Во избежание их явного и тайного противодействия Салтыков отправился за границу инкогнито. Там он покупал и заказывал нужные корабли не прямо, а через подставных лиц и различного рода посредников. Приобретенные суда должны были следовать через воды Балтики с иностранными командами и под чужими флагами, чтобы шведы или нанятые ими каперские корабли не перехватили их в море.
Пребывая за границей под вымышленным именем, Салтыков поддерживал связь с русскими посланниками в Англии и Дании, а также с царем, пользуясь при переписке специальным шифром.
Более четырех лет пробыл на чужбине под чужим именем Федор Степанович Салтыков, ревностно выполняя царское поручение. За эти годы он объездил почти все портовые города Англии, Голландии, Дании, Франции и Саксонии. Осмотрев там сотни строившихся и продававшихся судов, он отбирал не только добротные корабли, но также и такие, которые бы удовлетворяли известным стандартам.
Федору Салтыкову приходилось вести трудные переговоры с владельцами судов, торговаться за каждый казенный рубль, добиваясь снижения запрашиваемой цены. В результате ему удалось сравнительно недорого приобрести пятнадцать 50-пушечных и иных кораблей, а также пять 32-пу-шечных фрегатов. Все они были добротно построены, их корпуса отличались тщательностью отделки и прочностью. Не случайно большая часть из „покупных" судов пробыла в строю Балтийского флота по 18 – 20 лет. Как уже указывалось, соблюдалось требование Петра о стандартности: почти все корабли были 50-пушечными, а фрегаты – 32-пушечными.
Салтыков рачительно относился к сбережению каждого государственного рубля и действовал весьма расчетливо и разумно. Он закупил часть судов вовсе без оснастки и вооружения, благодаря чему заплатил за них вдвое дешевле. Как опытный кораблестроитель он рассчитал, что оснастить и вооружить корабли и фрегаты на отечественных верфях обойдется втрое дешевле сэкономленной суммы. В соответствии с рекомендацией Петра Салтыков приобрел большую часть судов в Англии и лишь некоторые – у французских и голландских судовладельцев. Все закупленные суда их владельцы доставляли под своим национальным флагом в Копенгаген, а оттуда они следовали с нанятыми Салтыковым экипажами, для маскировки поднимая иностранные флаги, в Ревель. На переходе лишь один корабль и один фрегат были захвачены каперскими судами. Петр посчитал подобные потери минимальными и оправданными, поскольку каждый приобретенный Салтыковым корабль обошелся вдвое дешевле, чем его постройка на отечественных верфях.
Благодаря деятельности Салтыкова Балтийский флот за короткий срок был пополнен 18 кораблями и фрегатами. Вместе с прибывшими из Архангельска 8 „архангелогородскими" кораблями в 1713 г. Балтийский флот превосходил флот Швеции по количеству кораблей и фрегатов.
Стремясь использовать свое пребывание за границей для того, чтобы проникнуть в тайны иностранных кораблестроителей, освоить их технологию, Салтыков сам нанимался на заграничные верфи в качестве строителя судов. Например, в Англии он построил транспортное судно по своему чертежу.
Петр возлагал на Салтыкова и поручения по приобретению мореходных и иных инструментов, а также по найму на русскую службу различных мастеров, шкиперов, матросов и других специалистов. На Салтыкова была возложена также забота о молодых русских людях, обучавшихся за границей различным профессиям и ремеслам.