Пока шли дебаты в сенате, над Писаревым нависла новая угроза. Комендант крепости считал обычный крепостной режим для Писарева слишком легким. Его раздражали всевозможные льготы, которыми Писарев имел возможность пользоваться благодаря содействию князя Суворова. Генерал-лейтенант Сорокин предпринял попытку лишить Писарева всех этих льгот, а заодно и самой возможности пользоваться покровительством военного генерал-губернатора.
«Представляемое письмо передано генерал-лейтенантом Сорокиным. Письмо это обращает на себя внимание, потому что Писарев сообщает своей матери, что он самый деятельный сотрудник журнала «Русское слово», известного своим дурным и вредным направлением. При этом генерал-лейтенант Сорокин сообщил, что Писарев пишет очень много. Статьи его передаются прямо Санкт-Петербургским военным генерал-губернатором Благосветлову, который весьма часто посещает Писарева. Писарев содержится в Екатерининской куртине, в отдельном каземате, и поэтому как переписка, так и свидания его не подлежат ведению III отделения. Писарев по своему преступлению подлежит лишению всех прав состояния и ссылке в каторжные работы, а потому, во избежание, чтобы статьи Писарева не произвели бы тех последствий, какие произошли от романа Чернышевского «Что делать?», я полагал бы снестись с министрам юстиции, не признает ли он нужным переместить Писарева в Алексеевский равелин и тогда как выпуск его статей, так и неуместные свидания могут быть прекращены».
На письме две пометки Долгорукова: «Переговорить при свидании, 23 мая» и «Оставить без последствий, приобщить к делу, 26 мая». Очевидно, в беседе двух руководителей тайной полиции выяснилось, что приговор сената не требует Писареву каторжных работ. Сенатское определение было готово 25 мая, как раз накануне того дня, когда шеф жандармов решил оставить донос коменданта крепости без последствий.
В сенатском определении после изложения обстоятельств дела, относящихся к каждому из подсудимых, следовала постановляющая часть. О Писареве там говорилось:
«Кандидат СПб университета Писарев виновен, также по собственному сознанию, с обстоятельствами дела вполне согласному, в составлении возмутительной статьи, заключающей в себе опровержение брошюры Шедо-Ферроти и преисполненной дерзких и оскорбительных выражений и против правительства и против самого государя императора… Сенат находит, что первоначальное упорное запирательство его в преступлении, а потом неискренность и в самом сознании, несмотря на все делаемые ему увещания, ведут к тому, что он должен понести наказание ему следующее, в высшей оного мере, а сокращено должно быть оное… только на одну треть, т. е. он должен быть лишен некоторых прав и преимуществ и подвергнут заключению в крепости на 2 года и 8 месяцев, а по предмету покушения на распространение сочиненной им возмутительной статьи оставлен в сильном подозрении. Писарев во время производства дела сего ходатайствовал о смягчении ему наказания, оправдывая себя тем, что преступление его было плодом минутного увлечения и что он — человек впечатлительный до такой степени, что даже подвергался умопомешательству, от коего и был пользуем. Такое ходатайство Писарева Сенат признает не заслуживающим уважения, потому что статья, составленная им и заключающая два листа весьма мелкого письма, написанная притом не в один раз, а с значительным промежутком времени, доказывает обдуманность преступного его действия».
Баллод был приговорен к лишению всех прав состояния и ссылке в каторгу на рудники на пятнадцать лет с последующим поселением в Сибири навсегда. Печаткин — к трехмесячному аресту с последующей отдачей под надзор полиции на три года. Лобанов освобожден от всякой ответственности; находящиеся за границей Николай Жуковский и Мошкалов приговаривались «к лишению всех прав состояния и к вечному изгнанию из пределов государства».
2 июня сенаторы подписали приговор.
Для узников перемен не произошло; они и не подозревали, что уже осуждены. Сенатскому определению еще предстояло пройти несколько инстанций: министерство юстиции — Государственный совет — император.
Тем временем Писарев закончил наконец статью о Дарвине. 17 июля он сдал коменданту ее последнюю часть и вместе с ней две другие статьи — «Кукольная трагедия с букетом гражданской скорби» (о романах Станицкого) и первые девять глав «Реалистов», статьи, в которой он подробно изложил свое миросозерцание.