Публика валила в театры, чтобы посмотреть на сидящего рядом с царской ложей маленького тщедушного человечка. Напомаженный, завитой, веснушчатый, с серьгой в ухе и в странном сюртуке, он был бледен, испуган. Рядом с ним — жена, в шелках, брильянтах и аляповатом кокошнике.
Преступник на другой день после покушения был передан в распоряжение следственной комиссии, созданной еще во время майских пожаров 1862 года. Его допрашивали непрерывно, день и ночь, не давая ни сна, ни отдыха. Он упорно скрывал свое имя и упрямо твердил, что не имел никаких сообщников. Найденные при нем пули, порох, яд, рукописное воззвание «Друзьям-рабочим» и письмо без адреса к какому-то «Николаю Андреевичу» нитей следствию не давали. Применили «самые деятельные и энергичные меры» и довели допрашиваемого до полного изнеможения. Он просил отдыха, обещая дать нужные показания. На другой день он назвался Алексеем Петровым, но по-прежнему утверждал, что действовал один.
По полицейским участкам была разослана «фотография «Петрова». Один из дворников узнал человека, который жил у него в марте под фамилией Владимиров. Он вспомнил, что видел у него на столе письмо, адресованное некоему Ермолову в Москву, а однажды ходил по его поручению к какому-то «домашнему учителю». Домашнего учителя, которым оказался И. А. Худяков, арестовали, в Москву послали телеграмму с предписанием отыскать и арестовать Ермолова. «Петров» («Владимиров») упорствовал по-прежнему, и неизвестно, как долго бы это продолжалось, если бы не случайность, которая помогла установить его личность.
7 апреля содержатель Знаменской гостиницы сообщил в полицию, что один из его постояльцев с 3 апреля домой не возвращался. По предъявленной ему фотографии он опознал исчезнувшего. При обыске в комнате был найден разорванный конверт, на котором удалось прочитать адрес и фамилию «Николая Андреевича». Арестованный в Москве Н. А. Ишутин был доставлен в следственную комиссию и признал в Алексее Петрове своего двоюродного брата Дмитрия Владимировича Каракозова.
8 апреля во главе следственной комиссии был поставлен генерал Муравьев, облеченный чрезвычайными полномочиями. «Я стар, — сказал он, приняв назначение, — но или лягу костьми моими, или дойду до корня зла». Правительственные сферы ждали от Муравьева, всего два года тому назад залившего кровью Литву, каких-то чудодейственных мер, которые сокрушат крамолу и всякий либерализм.
«Московские ведомости» приветствовали назначение Муравьева. Он стал популярен не менее Комиссарова — в его честь устраивались обеды и банкеты. Петербургские враги Муравьева должны были пасть. Князя Долгорукова на посту шефа жандармов заменил граф Шувалов. Министром народного просвещения вместо Головнина назначили графа Д. А. Толстого. Должность петербургского военного генерал-губернатора была упразднена, светлейший князь Суворов назначен генерал-инспектором пехоты, а ставший вместо Анненкова обер-полицеймейстером генерал Ф. Ф. Трепов подчинен непосредственно шефу жандармов.
«Ночью с восьмого на девятое апреля, — вспоминал современник, — начинается период поголовного хватания… Брали всех и каждого, кто только был оговорен, чье имя было произнесено на допросе кем-нибудь из взятых или находилось в захваченной переписке. Брали чиновников и офицеров, учителей и учеников, студентов и юнкеров; брали женщин и девочек, нянюшек и мамушек, мировых посредников и мужиков, князей и мещан; допрашивали детей и дворников, прислугу и хозяев; брали в Москве, брали в Петербурге, брали в уездных городах, в отдаленных губерниях; брали в селах и деревнях, брали по такой обширной программе, что никто и нигде не чувствовал себя безопасным, кроме членов комиссии и сотрудников «Московских ведомостей».
Муравьев ставил своей целью «обнаружить зло в самом корне». Он везде видел революционные организации и почти поголовно арестовывал участников разрешенных и полулегальных обществ: издательской артели, общества для распространения полезных книг, школ для взрослых, переплетных и швейных мастерских, основанных на кооперативных началах. Особенно решительные меры были приняты «к остановлению необузданного и зловредного направления журналистики».
13 апреля был арестован Благосветлов, 14-го — Василий Курочкин, 15-го — Евгений Печаткин, 16-го — братья Европеус с женами, 25-го — полковник Лавров, 28-го — Зайцев и Соколов, 29-го — Елисеев, 30-го — Василий Слепцов. В крепости томились Николай Курочкин, Минаев, Владимир Ковалевский и многие другие, менее известные литераторы.
3 июня в «Северной почте» появилось извещение: «По высочайшему повелению, объявленному министру внутренних дел председателем комитета министров 28 минувшего мая, журналы «Современник» и «Русское слово» вследствие доказанного с давнего времени вредного их направления прекращены».
После 4 апреля Писарев был полностью изолирован от внешнего мира: свидания с матерью запрещены, книги и письменные принадлежности отобраны, ограничена переписка.
