Но не все, тем не менее, складывалось гладко. С начала 1820-х годов брожение в студенческой среде Виленского университета усиливалось, тут действовали студенческие общества, ставившие своей целью как саморазвитие, прогресс науки и просвещения, так и содействие освобождению Польши. С другой стороны, занимавший пост императорского комиссара в Польше Н.Н. Новосильцов, преследуя личные карьерные цели, искал повод для дискредитации руководства университета. В результате в 1822—1823 годах тут работали следственные комиссии, причем если в первой Лобойко попал в число следователей, то для второй он был уже подследственным. Явившийся итогом работы новосильцевской следственной комиссии разгром университета (высылка многих студентов в Россию, отстранение от преподавания ряда профессоров) травмировал Лобойко на всю жизнь.
Кроме того, в начале 1826 г. умер Румянцев, с материальной и моральной поддержкой которого были связаны различные начинания Лобойко. Возможно, поэтому он замолчал, отошел от научных занятий и почти не печатался. После 1823 года он 15 лет не публиковал научные статьи, издав только две учебные книги. «Начертание грамматики российского языка, составленное по наилучшим и достовернейшим пособиям, на российском и польском языке» (Вильно, 1827)535 вызвало неодобрительную рецензию в журнале «Московский телеграф». Рецензент писал, что автор «мало пользовался новейшими усовершенствованиями в системе грамматики нашей и потому много у него найдется неточного и затруднительного»536. «Собрание российских стихотворений. В пользу юношества, воспитываемого в учебном округе Императорского Виленского университета» (Вильно, 1827) помимо обширного свода стихов включало Предуведомление, содержащее обзор отечественных и зарубежных антологий образцовых сочинений, и статью «Взгляд на успехи в духовной поэзии россиян, французов и немцев». Эта статья дает представление об эстетических взглядах Лобойко, отнюдь не тривиальных для своего времени. Он сочувственно ссылается на А.С. Шишкова и отмечает, что в России «духовные писатели почти не обращают внимания на светскую словесность, а светские равнодушны к духовной. Справедливо, что поэзия наша до сих пор еще не освободилась от той зависимости, по которой считают ее подражательною; но если хотим сделать ее народною, то не в одних народных песнях и повестях должно искать нужной для сего подпоры. Творения российских проповедников для сего необходимы <…>»537. Но при этом Лобойко отнюдь не был сторонником классицизма, он включил в сборник также стихи Карамзина, И. Дмитриева, Батюшкова, Жуковского, Плетнева, Баратынского и А. Пушкина. Тем не менее в эпоху торжества романтизма сборник выглядел архаично и вызвал резкую критику (за всеядность и отсутствие вкуса) в отстаивавшем романтизм «Московском телеграфе». Рецензент писал, что «исполнение г-д издателей весьма неудачно. <…> кажется, издатели печатали без разбора, что попадало в руки. Тут находим стихи Сумарокова, Хераскова и других поэтов, не носящие никакой печати изящества, сатиры и проч. и проч. все без различия»; «иной сварливый критик удивился бы, увидя князя П.И. Шаликова наряду с Александром Пушкиным и выше Баратынского, Козлова, Дельвига, Грибоедова, а сих поэтов поставленных наряду с г-дами Межаковым, Яковлевым, Иванчиным-Писаревым и пр.»538 Лобойко подготовил к публикации еще два сборника подобного типа («Лирические и поучительные стихотворения» и «Описательные и повествовательные стихотворения»), но они не были изданы539; возможно, это было связано с критикой первой книги.
