В десятом часу вечера началась сильная качка. Многие пассажиры почувствовали первый приступ морской болезни. Несмотря на это, капитан Арво Андрессен не стал давать команду о снижении скорости, и «Эстония» шла со скоростью 18 узлов против ветра. Высота волны достигала уже шести метров.
Около часа ночи пассажиры «Эстонии» услышали резкие звуки, похожие на выстрелы, и металлические удары, по корпусу парома прошла сильная вибрация, которая, как показалось пассажирам, никак не была связана с качкой и ударами волн. В баре танцующие начали терять равновесие, полетели на пол бокалы…
Капитан Арво Андрессен, который ужинал в ресторане со шведскими лоцманами, услышал странные звуки, встревожено поднялся из-за стола и поспешно поднялся в рубку. Что дальше происходило с капитаном, где он находился во время кораблекрушения — остается загадкой, его голос, как ни странно, отсутствует в записи переговоров тонущей «Эстонии»… По официальным данным, Андрессен погиб, но где и в какой момент той страшной ночи настигла его смерть — неизвестно.
Вахтенный матрос Сильвер Линде, который в эти минуты находился для контрольного осмотра на автопалубе, впоследствии рассказывал Ютте Рабе: «Я почти потерял равновесие и едва смог устоять на ногах. Шум шел откуда-то сбоку, я даже не могу точно сказать откуда […] Я не могу утверждать, что это был взрыв, но уж очень странный был этот звук, такого я раньше никогда не слышал». Последовали еще два громких удара, корпус «Эстонии» продолжал сотрясаться от вибрации. А в коридорах палубы I, которая находится ниже ватерлинии, появилась вода. Она также сочилась из вентиляционных отверстий. Внезапно «Эстония» стала крениться на правый борт. В коридоре матрос Линде столкнулся с пассажиром, одетым только в нижнее белье. Человек кричал, что его каюта наполовину заполнена водой.
Многие пассажиры, решив, что судно село на мель, побежали из нижних палуб наверх. Один из них, еще не утративший способности шутить, поинтересовался, не появились ли на Балтике айсберги. Финский маркетолог Пер-Эрик Эрнстен впоследствии рассказывал Ютте Рабе, что, когда он, напуганный громкими звуками и начавшимся креном судна, наспех оделся и, не взяв с собой ничего из личных вещей, опрометью побежал на верхние палубы, на трапе он встретил трех мужчин, которые были тепло одеты и несли в руках сумки. Они шли от VII палубы, где находились каюты членов экипажа. Эрнстена поразило, что среди всеобщей паники и криков эти люди поднимались по трапу так спокойно и деловито, словно в происходящем не было ничего страшного. У Эрнстена невольно возникло впечатление, будто эти прекрасно экипированные люди заранее подготовились к кораблекрушению, и оно не застало их врасплох.
В 1 час 22 минуты была объявлена внутрисудовая тревога, паром «Эстония» послал первые сигналы бедствия. Сигнал SOS, как оказалось, был подан непосредственно перед опрокидыванием судна, когда никакая помощь уже не успевала подоспеть на место аварии… В это время автомобили на грузовой палубе начали срываться с мест и биться о переборки. Все усиливавшийся крен практически лишал людей возможности передвигаться.
После объявления тревоги у пассажиров было не более двадцати минут для того, чтобы выбраться на верхнюю палубу, сесть в шлюпки или надувные плоты. Для тех, кто находился на нижних палубах парома, шансов спастись уже практически не было.
Когда начались качка и крен, пассажир Александр Воронин упал и повредил позвоночник. В каютах людей болтало, словно в барабане стиральной машины. Несмотря на сильную боль в спине, Воронин сумел подняться на верхнюю палубу буквально перед тем, как «Эстония» ушла под воду. Оказавшись в воде, он увидел спасательный плот и из последних сил поплыл к нему. Однако взобраться на плот было не простой задачей — боль в спине с каждым мгновением усиливалась, двигаться мешала мокрая одежда. Александр вынужден был сорвать всю верхнюю одежду и только после этого, в одних плавках, вскарабкался на плот. Всю ночь он вычерпывал руками воду и только на рассвете его спас шведский вертолет. Удивительно, как выжил этот мужественный человек — со сломанным позвоночником, практически голый, в ледяной воде.
Работник судового магазина «Эстонии» Тиммо Веса, почувствовав, что судно кренится, побежал на верхнюю палубу и надел спасательный жилет. С тонущего парома его смыло волной, но, по счастью, недалеко оказался плот, на котором уже находилась одна женщина-шведка. Выбравшись из воды, Тиммо помог еще нескольким пассажирам. На помощь им пришел паром «Mariella». Несколько раз с парома бросали тросы, но зацепить их было не за что…
