Еще одна версия гибели, в целом не противоречившая результатам расследования Ютты Рабе, была обнародована в России. Некая аналитическая группа «Феликс», состоявшая из отставных офицеров госбезопасности, утверждала со ссылкой на данные внешней разведки, что «Эстония» была потоплена контрабандистами, нелегально перевозившими на борту парома кобальт и героин. Узнав, что шведские власти вышли на их след и в Стокгольме паром уже поджидает полиция, контрабандисты сами подняли визир судна, чтобы затопить автопалубу. Согласно информации «Феликса», сотруднику охранной фирмы «Эстониан секьюритиз», а в прошлом заместителю директора таможенного комитета Эстонии Игорю Криштаповичу удалось подслушать и записать телефонный разговор капитана «Эстонии» Арво Андрессена и наркодельца по имени Юри. Через три недели после катастрофы «Эстонии» Игорь Криштапович был убит двумя выстрелами в затылок в центре Таллина, а его убийц так и не нашли. Кто был заказчиком убийства Криштаповича, осталось загадкой, но совершенно очевидно, что эстонская полиция не стала прилагать особых усилий для раскрытия преступления.
Сегодня есть все основания говорить о том, что паром «Эстония» использовался для перевозки оружия. В 2004 году бывший начальник шведской таможни Свен Петер Олссон рассказал, что якобы в 1994 году военные и таможенники договорились о том, что прибывающие паромом машины с военными грузами будут пропускаться без досмотра. Вывозили же из Эстонии вооружение, которое приобреталось у находившихся здесь вплоть до 31 августа 1994 года частей Российской армии. В ответ на эти сенсационные признания таможенника последовала реакция со стороны правительства Швеции: премьер-министр Йоран Перссон в резкой форме заявил, что военные скрыли от правительства факты перевозки российского военного оборудования. Тогда представитель министерства обороны Швеции все-таки признал, что паром «Эстония» действительно перевозил военные грузы, но в ночь катастрофы их на борту якобы не было. Таким образом, официально был признан факт использования парома «Эстония» для тайной транспортировки российского военного оборудования и вооружения. Видимо, нашлись влиятельные люди, которые решили остановить вывоз военных грузов, избрав для этого самый жестокий способ — террористический акт. С гибелью «Эстонии» разрушался коридор и для контрабанды, и для вывоза бывшего советского оружия.
Когда в прессе стали появляться первые сообщения относительно продажи российского военного оборудования в Эстонии и транспортировки его паромом в Швецию, МИД России сделал заявление, что не обладает никакой официальной информацией о возможном нахождении российского военного оборудования на затонувшем в Балтийском море пароме. «Какая-либо официальная информация на этот счет не поступала ни от эстонской, ни от шведской стороны», — подчеркивалось в комментарии МИДа.
В 2006 году международная группа специалистов в составе ученых Гетеборгского политехнического института Чалмерс, а также сотрудников кафедр судостроения двух шотландских и голландского вузов, в течение года расследовавшая по заданию шведского правительства обстоятельства катастрофы, пришла к выводу, что гибель парома была вызвана не штормом и не ошибочными действиями экипажа, а большой пробоиной, образовавшейся в донной части корпуса судна. Отсюда следовал определенный вывод, что «Эстония» погибла в результате диверсии. Пробоина, вероятнее всего, возникла именно в результате взрыва, о звуках которого рассказывают выжившие пассажиры «Эстонии». По мнению экспертов, паром не мог затонуть в результате отрыва носового визира, как утверждается в докладе официальной комиссии. О существовании же огромного, диаметром в несколько метров, отверстия в нижней части корпуса «Эстонии» свидетельствуют фотографии, сделанные управляемым подводным аппаратом.
