Отличительной особенностью данной конструкции являлись продольная прочная переборка в месте соединения цилиндров вдоль всех отсеков и герметичная палуба. В поперечном сечении такой корпус имел форму положенной горизонтально восьмерки. Внутри корпус был разделен плоскими переборками на восемь отсеков. Благодаря такой конструкции удалось добиться и достаточной ширины лодки для обеспечения требуемой остойчивости, и снижения осадки, которая, тем не менее, достигала 7 метров.
Чтобы сохранить длину лодки в разумных пределах, все четыре дизеля поставили рядом, сгруппировав по два, причем каждая пара работала на свою линию вала. Через редукторы и разобщительные муфты дизели были связаны с электрогенераторами и компрессорами, расположенными в пятом отсеке. Главные механизмы (дизели, генераторы, электродвигатели и компрессоры) устанавливались на резинометаллических амортизаторах. Имелось устройство для работы дизелей под водой — шнорхель. Пять групп цистерн главного балласта, топливные танки и цистерны авиационного бензина были размещены вне прочного корпуса.
Система погружения и всплытия позволяла лодке уйти под воду в течение 70 секунд, чему способствовал и сравнительно небольшой для японского флота запас плавучести. Ангар для трех самолетов, имевший форму цилиндра (внутренний диаметр — 3,5 м, длина — 37,5 м) разместили над прочным корпусом в центральной части лодки. Ангар и сдвинутая к левому борту рубка имели общее развитое ограждение. Спереди ангар герметически закрывался мощной дверью-крышкой, открывающейся в сторону правого борта. Через люк в полу ангар сообщался с прочным корпусом, что позволяло начинать подготовку самолетов к старту еще до всплытия на поверхность. Тем не менее с момента всплытия подлодки в надводное положение и до подъема в воздух всех трех самолетов проходило не менее 45 минут.
Погреб авиационного боезапаса, располагавшийся в четвертом отсеке, вмещал четыре авиационные торпеды, три 800-кг и двенадцать 250-кг бомб.
