После окончания войны 4 декабря 1918 г. возглавил Центральный отдел RMA (с 15 июля 1919 г. – Центральное управление Адмиралтейства) и 29 ноября 1919 г. был произведен в капитаны 1-го ранга. Весной 1920 г. Редер поддержал Капповский путч, после провала которого он 30 июня был снят с поста начальника управления и назначен начальником архива ВМФ. За время работы в архиве опубликовал ряд научных трудов, став крупнейшим специалистом по крейсерским операциям флота, среди его работ – «Крейсерская война в зарубежных водах», «Деятельность лёгких крейсеров «Эмден» и «Карлсруэ», «Война на море». 1 апреля 1922 г. он был произведен в контр-адмиралы, а 20 июля 1922 г. был назначен инспектором боевой подготовки ВМС. 10 января 1925 г. он занял пост начальника военно-морской станции «Остзее» и 10 сентября 1925 г. был произведен в вице-адмиралы. Получил широкую известность во флоте как честный и принципиальный морской командир, свято следовавший кодексу чести офицера. 31 мая 1926 г. получил звание почетного доктора философии Кильского университета.
24 сентября 1928 г. был назначен исполняющим обязанности начальника Морского руководства; 1 октября 1928 г. он был произведен в адмиралы и утвержден в этой должности, возглавив, таким образом, весь германский флот. При строительстве флота отдавал приоритет крупным надводным кораблям, особенно большие надежды возлагал на легкие линейные крейсера – «карманные линкоры». Поддержал приход к власти нацистов, приветствовал программу перевооружения флота. 1 июля 1935 г. Редер стал главнокомандующим ВМФ, а 20 апреля 1936 г. также получил ранг имперского министра и звание генерал-адмирала. 30 января 1937 г. он получил от Гитлера Золотой партийный значок. В 1936 г. начато строительство линейных кораблей, что резко увеличило силу германского ВМФ. Однако из-за того, что основные силы постоянно отвлекались на другие участки работы, программа увеличения флота все время отставала от намеченных сроков. Ситуация еще более осложнилась с созданием Управления по выполнению 4-летнего плана во главе с Германом Герингом и передачей в его руки всего руководства военным строительством. В 1938 г. Редер заявил Гитлеру, что «если война начнется в течение ближайших 2 лет, то флот будет к ней не готов». 17 января 1939 г. он представил Гитлеру план «Z» – план усиления флота, рассчитанный до 1947 г. План был одобрен, и ВМФ было предоставлено преимущество перед сухопутными войсками и люфтваффе. 1 апреля 1939 г. Редер был произведен в гросс-адмиралы.
30 сентября 1939 г. он был награжден Рыцарским крестом Железного креста. Осуществил минирование английских вод, начал крейсерские операции в Атлантике. Был инициатором и руководителем разработки плана оккупации Норвегии. Германский флот понес большие потери. После Норвегии основной упор был сделан на ведение подводной войны. Еще 10 октября 1939 г. после отказа от программы «Z» Редер просил увеличить производство подводных лодок с 2 до 29 в месяц, но, так как вопросами производства ведал Геринг, флоту предложили пользоваться собственными мощностями. Редер не смог отказаться от сокращения строительства крупных надводных кораблей, и производство подлодок временно не было увеличено. 6 января 1943 г. Гитлер вызвал Редера и приказал расформировать надводный флот. В ответ тот демонстративно подал в отставку и 30 января 1943 г. был заменен Карлом Дёницем. Редер в тот же день получил почетную должность адмирал-инспектора флота, но фактически никаких прав не получил и обязанностей по должности не имел. В штабе ВМФ говорили, что Редер получил только право на почетные похороны…
23 июня 1945 г. Редер был арестован органами советской контрразведки и отправлен в Москву. В качестве подсудимого как главный военный преступник предстал перед Международным военным трибуналом в Нюрнберге. Он был признан виновным и 30 сентября 1946 г. приговорен к пожизненному тюремному заключению. Наказание отбывал в берлинской тюрьме Шпандау. 26 сентября 1955 г. он был освобожден по состоянию здоровья. Редер скончался 6 ноября 1960 г. в Киле.
